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豬重要性狀的組學(xué)遺傳基礎(chǔ)與改良 版權(quán)信息
- ISBN：9787030741783
- 條形碼：9787030741783 ; 978-7-03-074178-3
- 裝幀：一般膠版紙
- 冊(cè)數(shù)：暫無(wú)
- 重量：暫無(wú)
- 所屬分類：>
豬重要性狀的組學(xué)遺傳基礎(chǔ)與改良 內(nèi)容簡(jiǎn)介
本書按不同性狀分別總結(jié)和闡述近年來該性狀遺傳基礎(chǔ)研究及其改良技術(shù)在國(guó)內(nèi)外的近期新科研進(jìn)展與改良成果及發(fā)展趨勢(shì)，包括豬形態(tài)性狀的遺傳基礎(chǔ)與改良、豬遺傳缺陷的遺傳與排除、豬的抗病力與免疫性狀的遺傳與育種、豬抗逆性的遺傳與育種、豬的行為性狀及其遺傳、豬繁殖性狀的遺傳基礎(chǔ)及改良、豬生長(zhǎng)性狀的遺傳基礎(chǔ)及改良、豬胴體性狀的遺傳基礎(chǔ)及改良、豬肉質(zhì)性狀的遺傳基礎(chǔ)及改良、基因組印記及豬的印記性狀、中國(guó)地方豬的保護(hù)、優(yōu)異性狀的評(píng)估與相關(guān)基因的發(fā)掘。本書還對(duì)目前新技術(shù)和研究進(jìn)展進(jìn)行了拓展，對(duì)一些與性狀遺傳基礎(chǔ)研究及其遺傳改良領(lǐng)域相關(guān)的熱門專題進(jìn)行討論。
豬重要性狀的組學(xué)遺傳基礎(chǔ)與改良 目錄
目錄
**篇 概述
**章家豬起源和重要性狀的遺傳改良 3
**節(jié)家豬 3
第二節(jié)性狀及其分類 7
參考文獻(xiàn) 11
第二章豬組學(xué)數(shù)據(jù)的解析與應(yīng)用 13
**節(jié)組學(xué)數(shù)據(jù)的范疇 13
第二節(jié)組學(xué)數(shù)據(jù)分析的基本方法 17
第三節(jié)組學(xué)數(shù)據(jù)分析的新技術(shù) 22
第四節(jié)豬重要經(jīng)濟(jì)性狀組學(xué)分析案例 26
參考文獻(xiàn) 30
第二篇 豬基因組遺傳評(píng)估與基因挖掘
第三章基因組選擇育種統(tǒng)計(jì)模型研究進(jìn)展 35
**節(jié)基因組選擇概念的提出 35
第二節(jié)*佳線性無(wú)偏預(yù)測(cè)法估計(jì)育種值 36
第三節(jié)個(gè)體親緣關(guān)系矩陣的構(gòu)建 37
第四節(jié)方差組分估計(jì) 40
第五節(jié)基因組選擇GBLUP的改進(jìn)模型 42
第六節(jié)基因組選擇軟件HIBLUP的安裝及使用 44
參考文獻(xiàn) 50
第四章基因組選擇育種模型的評(píng)估及影響因素 52
**節(jié)基因組選擇育種模型的評(píng)估 52
第二節(jié)基因組選擇育種模型的影響因素 58
參考文獻(xiàn) 63
第五章豬高效基因組育種技術(shù)的創(chuàng)制與應(yīng)用 65
**節(jié)生產(chǎn)性能測(cè)定和樣品采集 65
第二節(jié)核酸提取和基因分型 72
第三節(jié)估計(jì)基因組育種值和計(jì)算選擇指數(shù) 73
參考文獻(xiàn) 75
第六章全基因組關(guān)聯(lián)分析統(tǒng)計(jì)模型的研究進(jìn)展 77
**節(jié)全基因組關(guān)聯(lián)分析的簡(jiǎn)介 77
第二節(jié)全基因組關(guān)聯(lián)分析中的數(shù)據(jù) 78
第三節(jié)全基因組關(guān)聯(lián)分析的流程和模型發(fā)展 82
第四節(jié)全基因組關(guān)聯(lián)分析軟件rMVP的安裝使用 84
參考文獻(xiàn) 98
第七章豬基因組育種模擬及規(guī)劃 100
**節(jié)育種模擬及規(guī)劃的進(jìn)展 100
第二節(jié)育種模擬及規(guī)劃的原理 102
第三節(jié)育種模擬及規(guī)劃軟件SIMER的安裝使用 110
參考文獻(xiàn) 129
第八章豬整合組學(xué)基因評(píng)分推薦體系構(gòu)建 131
**節(jié)豬多組學(xué)整合現(xiàn)狀 131
第二節(jié)豬整合組學(xué)基因評(píng)分推薦體系的設(shè)計(jì)與構(gòu)建 133
第三節(jié)豬整合組學(xué)知識(shí)庫(kù)ISwine的使用 143
參考文獻(xiàn) 151
第三篇 豬功能基因組研究進(jìn)展
第九章豬的調(diào)控元件和三維基因組學(xué)研究進(jìn)展 155
**節(jié)DNA調(diào)控元件 155
第二節(jié)多層次的基因組 158
第三節(jié)豬基因組功能調(diào)控元件注釋與三維基因組學(xué)研究 163
參考文獻(xiàn) 164
第十章豬表觀基因組學(xué)研究進(jìn)展 168
**節(jié)表觀遺傳學(xué)相關(guān)概念、基本特征及研究?jī)?nèi)容 168
第二節(jié)表觀遺傳產(chǎn)生的分子遺傳機(jī)制 174
第三節(jié)豬重要性狀表觀遺傳機(jī)制的研究進(jìn)展 180
參考文獻(xiàn) 191
第十一章豬轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究進(jìn)展 196
**節(jié)豬mRNA-seq研究進(jìn)展 196
第二節(jié)豬miRNA組學(xué)研究進(jìn)展 200
第三節(jié)豬lncRNA組學(xué)研究進(jìn)展 203
第四節(jié)豬circRNA組學(xué)研究進(jìn)展 207
第五節(jié)豬全轉(zhuǎn)錄分析研究進(jìn)展 209
參考文獻(xiàn) 211
第十二章豬蛋白質(zhì)組學(xué)研究進(jìn)展 216
**節(jié)豬蛋白質(zhì)組學(xué)的概述 216
第二節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)在豬相關(guān)疾病中的研究進(jìn)展 218
第三節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)在豬營(yíng)養(yǎng)調(diào)控中的研究進(jìn)展 220
第四節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)在豬生長(zhǎng)發(fā)育中的研究進(jìn)展 221
第五節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)在豬肉品質(zhì)中的研究進(jìn)展 221
第六節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)與豬繁殖性狀 222
第七節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)在豬疾病模型中的研究進(jìn)展 224
第八節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)在豬中的應(yīng)用展望 225
參考文獻(xiàn) 226
第十三章豬胚胎工程與基因修飾育種新技術(shù) 229
**節(jié)胚胎工程育種技術(shù) 229
第二節(jié)轉(zhuǎn)基因育種與轉(zhuǎn)基因克隆動(dòng)物技術(shù) 233
第三節(jié)干細(xì)胞育種 241
參考文獻(xiàn) 244
第四篇 豬重要性狀的遺傳基礎(chǔ)
第十四章豬生長(zhǎng)速度與飼料效率的遺傳改良 251
**節(jié)豬生長(zhǎng)速度與飼料效率的度量及其遺傳特性 251
第二節(jié)豬生長(zhǎng)速度與飼料效率的遺傳基礎(chǔ)研究 254
第三節(jié)豬生長(zhǎng)性狀的遺傳改良 256
參考文獻(xiàn) 261
第十五章豬胴體性狀的遺傳基礎(chǔ)及改良 265
**節(jié)豬胴體性狀的遺傳特性 265
第二節(jié)豬胴體性狀的遺傳基礎(chǔ)研究 268
第三節(jié)豬肌肉生長(zhǎng)速度與胴體組成性狀的遺傳改良 270
第四節(jié)豬背膘厚、眼肌面積與瘦肉率的遺傳改良 273
第五節(jié)上市肉豬的胴體評(píng)估與分級(jí)及其在推動(dòng)生豬改良中的意義 277
參考文獻(xiàn) 278
第十六章豬繁殖性狀的遺傳基礎(chǔ)及改良 282
**節(jié)豬繁殖性狀的基本特征 282
第二節(jié)公豬繁殖性狀的遺傳基礎(chǔ)研究 284
第三節(jié)母豬繁殖性狀的遺傳基礎(chǔ)研究 290
第四節(jié)豬繁殖性狀的遺傳改良 293
參考文獻(xiàn) 297
第十七章豬的遺傳缺陷與改良 302
**節(jié)豬遺傳缺陷的定義 302
第二節(jié)豬主要遺傳缺陷及其危害 303
第三節(jié)豬遺傳缺陷的遺傳方式 312
第四節(jié)豬遺傳缺陷相關(guān)候選基因的鑒定 315
參考文獻(xiàn) 320
第十八章豬抗病抗逆與免疫性狀的遺傳基礎(chǔ)與改良 327
**節(jié)豬抗病力的概念與度量 327
第二節(jié)免疫性狀 335
第三節(jié)豬主要組織相容性復(fù)合體 339
第四節(jié)豬抗病抗逆與免疫性狀的遺傳改良 342
參考文獻(xiàn) 356
第十九章豬肉質(zhì)性狀的遺傳基礎(chǔ)及改良 360
**節(jié)豬肉質(zhì)的組分性狀及其度量 360
第二節(jié)豬應(yīng)激綜合征與異常肉質(zhì) 366
第三節(jié)豬肉質(zhì)性狀的遺傳基礎(chǔ)研究 371
第四節(jié)豬肉質(zhì)性狀的遺傳改良 377
參考文獻(xiàn) 381
第二十章豬的行為性狀及其遺傳 384
**節(jié)豬的行為性狀 384
第二節(jié)行為遺傳學(xué) 392
第三節(jié)豬遺傳改良中行為性狀及異常行為的改良 407
參考文獻(xiàn) 408
第五篇 豬遺傳改良的研究進(jìn)展與展望
第二十一章豬基因組組裝研究進(jìn)展 417
**節(jié)豬基因組計(jì)劃研究進(jìn)展與組織 417
第二節(jié)豬基因組作圖 419
第三節(jié)豬基因組序列注釋新進(jìn)展 426
參考文獻(xiàn) 429
第二十二章基因組選擇在豬雜交生產(chǎn)中的應(yīng)用 432
**節(jié)雜交豬的基因型填充技術(shù) 432
第二節(jié)*大化純種豬的雜交效果表現(xiàn) 436
第三節(jié)非加性遺傳效應(yīng)在雜種生產(chǎn)中的應(yīng)用 444
參考文獻(xiàn) 447
第二十三章選擇信號(hào)檢測(cè)方法及其統(tǒng)計(jì)學(xué)問題 452
**節(jié)人工選擇作用下的基因組印記 452
第二節(jié)選擇信號(hào)的類別 453
第三節(jié)選擇信號(hào)檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量 454
第四節(jié)選擇信號(hào)的基因組數(shù)據(jù)模擬軟件與統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn) 459
第五節(jié)畜禽基因組選擇信號(hào)的可靠性驗(yàn)證 461
第六節(jié)畜禽選擇信號(hào)檢測(cè)的影響因素與統(tǒng)計(jì)學(xué)問題 463
第七節(jié)機(jī)器學(xué)習(xí)在選擇信號(hào)上的應(yīng)用 464
第八節(jié)展望 465
參考文獻(xiàn) 466
第二十四章基因組編輯技術(shù)在豬育種中的研究進(jìn)展 470
**節(jié)基因編輯技術(shù) 470
第二節(jié)CRISPR/Cas9技術(shù)應(yīng)用與編輯效率評(píng)估 473
第三節(jié)基于CRISPR系統(tǒng)的功能基因組學(xué)研究 478
第四節(jié)基因組編輯分子育種技術(shù) 485
參考文獻(xiàn) 489
第二十五章豬作為醫(yī)學(xué)動(dòng)物模型的研究進(jìn)展 495
**節(jié)用于人類醫(yī)學(xué)研究的小型豬品種及特點(diǎn) 496
第二節(jié)豬作為人類神經(jīng)系統(tǒng)疾病模型的研究進(jìn)展 500
第三節(jié)豬作為人類心血管疾病模型的研究進(jìn)展 502
第四節(jié)豬作為人類 2型糖尿病模型的研究進(jìn)展 504
第五節(jié)豬作為人類其他疾病模型的研究進(jìn)展 511
參考文獻(xiàn) 515
第二十六章豬種質(zhì)特色基因發(fā)掘與中國(guó)地方豬種資源保護(hù)利用 519
**節(jié)豬種質(zhì)特色基因的發(fā)掘 519
第二節(jié)我國(guó)地方豬種資源概況 522
第三節(jié)中國(guó)地方豬遺傳資源的開發(fā)利用現(xiàn)狀 526
參考文獻(xiàn) 530
第二十七章豬的福利與育種 534
**節(jié)動(dòng)物福利的概念與豬福利涵蓋的內(nèi)容 534
第二節(jié)對(duì)動(dòng)物福利的科學(xué)評(píng)價(jià) 535
第三節(jié)國(guó)外關(guān)于動(dòng)物福利的立法與標(biāo)準(zhǔn) 540
第四節(jié)福利與動(dòng)物健康和性能表現(xiàn) 542
第五節(jié)豬的福利與育種目標(biāo)、選種措施 545
參考文獻(xiàn) 546
**篇 概述
**章家豬起源和重要性狀的遺傳改良 3
**節(jié)家豬 3
第二節(jié)性狀及其分類 7
參考文獻(xiàn) 11
第二章豬組學(xué)數(shù)據(jù)的解析與應(yīng)用 13
**節(jié)組學(xué)數(shù)據(jù)的范疇 13
第二節(jié)組學(xué)數(shù)據(jù)分析的基本方法 17
第三節(jié)組學(xué)數(shù)據(jù)分析的新技術(shù) 22
第四節(jié)豬重要經(jīng)濟(jì)性狀組學(xué)分析案例 26
參考文獻(xiàn) 30
第二篇 豬基因組遺傳評(píng)估與基因挖掘
第三章基因組選擇育種統(tǒng)計(jì)模型研究進(jìn)展 35
**節(jié)基因組選擇概念的提出 35
第二節(jié)*佳線性無(wú)偏預(yù)測(cè)法估計(jì)育種值 36
第三節(jié)個(gè)體親緣關(guān)系矩陣的構(gòu)建 37
第四節(jié)方差組分估計(jì) 40
第五節(jié)基因組選擇GBLUP的改進(jìn)模型 42
第六節(jié)基因組選擇軟件HIBLUP的安裝及使用 44
參考文獻(xiàn) 50
第四章基因組選擇育種模型的評(píng)估及影響因素 52
**節(jié)基因組選擇育種模型的評(píng)估 52
第二節(jié)基因組選擇育種模型的影響因素 58
參考文獻(xiàn) 63
第五章豬高效基因組育種技術(shù)的創(chuàng)制與應(yīng)用 65
**節(jié)生產(chǎn)性能測(cè)定和樣品采集 65
第二節(jié)核酸提取和基因分型 72
第三節(jié)估計(jì)基因組育種值和計(jì)算選擇指數(shù) 73
參考文獻(xiàn) 75
第六章全基因組關(guān)聯(lián)分析統(tǒng)計(jì)模型的研究進(jìn)展 77
**節(jié)全基因組關(guān)聯(lián)分析的簡(jiǎn)介 77
第二節(jié)全基因組關(guān)聯(lián)分析中的數(shù)據(jù) 78
第三節(jié)全基因組關(guān)聯(lián)分析的流程和模型發(fā)展 82
第四節(jié)全基因組關(guān)聯(lián)分析軟件rMVP的安裝使用 84
參考文獻(xiàn) 98
第七章豬基因組育種模擬及規(guī)劃 100
**節(jié)育種模擬及規(guī)劃的進(jìn)展 100
第二節(jié)育種模擬及規(guī)劃的原理 102
第三節(jié)育種模擬及規(guī)劃軟件SIMER的安裝使用 110
參考文獻(xiàn) 129
第八章豬整合組學(xué)基因評(píng)分推薦體系構(gòu)建 131
**節(jié)豬多組學(xué)整合現(xiàn)狀 131
第二節(jié)豬整合組學(xué)基因評(píng)分推薦體系的設(shè)計(jì)與構(gòu)建 133
第三節(jié)豬整合組學(xué)知識(shí)庫(kù)ISwine的使用 143
參考文獻(xiàn) 151
第三篇 豬功能基因組研究進(jìn)展
第九章豬的調(diào)控元件和三維基因組學(xué)研究進(jìn)展 155
**節(jié)DNA調(diào)控元件 155
第二節(jié)多層次的基因組 158
第三節(jié)豬基因組功能調(diào)控元件注釋與三維基因組學(xué)研究 163
參考文獻(xiàn) 164
第十章豬表觀基因組學(xué)研究進(jìn)展 168
**節(jié)表觀遺傳學(xué)相關(guān)概念、基本特征及研究?jī)?nèi)容 168
第二節(jié)表觀遺傳產(chǎn)生的分子遺傳機(jī)制 174
第三節(jié)豬重要性狀表觀遺傳機(jī)制的研究進(jìn)展 180
參考文獻(xiàn) 191
第十一章豬轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究進(jìn)展 196
**節(jié)豬mRNA-seq研究進(jìn)展 196
第二節(jié)豬miRNA組學(xué)研究進(jìn)展 200
第三節(jié)豬lncRNA組學(xué)研究進(jìn)展 203
第四節(jié)豬circRNA組學(xué)研究進(jìn)展 207
第五節(jié)豬全轉(zhuǎn)錄分析研究進(jìn)展 209
參考文獻(xiàn) 211
第十二章豬蛋白質(zhì)組學(xué)研究進(jìn)展 216
**節(jié)豬蛋白質(zhì)組學(xué)的概述 216
第二節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)在豬相關(guān)疾病中的研究進(jìn)展 218
第三節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)在豬營(yíng)養(yǎng)調(diào)控中的研究進(jìn)展 220
第四節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)在豬生長(zhǎng)發(fā)育中的研究進(jìn)展 221
第五節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)在豬肉品質(zhì)中的研究進(jìn)展 221
第六節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)與豬繁殖性狀 222
第七節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)在豬疾病模型中的研究進(jìn)展 224
第八節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)在豬中的應(yīng)用展望 225
參考文獻(xiàn) 226
第十三章豬胚胎工程與基因修飾育種新技術(shù) 229
**節(jié)胚胎工程育種技術(shù) 229
第二節(jié)轉(zhuǎn)基因育種與轉(zhuǎn)基因克隆動(dòng)物技術(shù) 233
第三節(jié)干細(xì)胞育種 241
參考文獻(xiàn) 244
第四篇 豬重要性狀的遺傳基礎(chǔ)
第十四章豬生長(zhǎng)速度與飼料效率的遺傳改良 251
**節(jié)豬生長(zhǎng)速度與飼料效率的度量及其遺傳特性 251
第二節(jié)豬生長(zhǎng)速度與飼料效率的遺傳基礎(chǔ)研究 254
第三節(jié)豬生長(zhǎng)性狀的遺傳改良 256
參考文獻(xiàn) 261
第十五章豬胴體性狀的遺傳基礎(chǔ)及改良 265
**節(jié)豬胴體性狀的遺傳特性 265
第二節(jié)豬胴體性狀的遺傳基礎(chǔ)研究 268
第三節(jié)豬肌肉生長(zhǎng)速度與胴體組成性狀的遺傳改良 270
第四節(jié)豬背膘厚、眼肌面積與瘦肉率的遺傳改良 273
第五節(jié)上市肉豬的胴體評(píng)估與分級(jí)及其在推動(dòng)生豬改良中的意義 277
參考文獻(xiàn) 278
第十六章豬繁殖性狀的遺傳基礎(chǔ)及改良 282
**節(jié)豬繁殖性狀的基本特征 282
第二節(jié)公豬繁殖性狀的遺傳基礎(chǔ)研究 284
第三節(jié)母豬繁殖性狀的遺傳基礎(chǔ)研究 290
第四節(jié)豬繁殖性狀的遺傳改良 293
參考文獻(xiàn) 297
第十七章豬的遺傳缺陷與改良 302
**節(jié)豬遺傳缺陷的定義 302
第二節(jié)豬主要遺傳缺陷及其危害 303
第三節(jié)豬遺傳缺陷的遺傳方式 312
第四節(jié)豬遺傳缺陷相關(guān)候選基因的鑒定 315
參考文獻(xiàn) 320
第十八章豬抗病抗逆與免疫性狀的遺傳基礎(chǔ)與改良 327
**節(jié)豬抗病力的概念與度量 327
第二節(jié)免疫性狀 335
第三節(jié)豬主要組織相容性復(fù)合體 339
第四節(jié)豬抗病抗逆與免疫性狀的遺傳改良 342
參考文獻(xiàn) 356
第十九章豬肉質(zhì)性狀的遺傳基礎(chǔ)及改良 360
**節(jié)豬肉質(zhì)的組分性狀及其度量 360
第二節(jié)豬應(yīng)激綜合征與異常肉質(zhì) 366
第三節(jié)豬肉質(zhì)性狀的遺傳基礎(chǔ)研究 371
第四節(jié)豬肉質(zhì)性狀的遺傳改良 377
參考文獻(xiàn) 381
第二十章豬的行為性狀及其遺傳 384
**節(jié)豬的行為性狀 384
第二節(jié)行為遺傳學(xué) 392
第三節(jié)豬遺傳改良中行為性狀及異常行為的改良 407
參考文獻(xiàn) 408
第五篇 豬遺傳改良的研究進(jìn)展與展望
第二十一章豬基因組組裝研究進(jìn)展 417
**節(jié)豬基因組計(jì)劃研究進(jìn)展與組織 417
第二節(jié)豬基因組作圖 419
第三節(jié)豬基因組序列注釋新進(jìn)展 426
參考文獻(xiàn) 429
第二十二章基因組選擇在豬雜交生產(chǎn)中的應(yīng)用 432
**節(jié)雜交豬的基因型填充技術(shù) 432
第二節(jié)*大化純種豬的雜交效果表現(xiàn) 436
第三節(jié)非加性遺傳效應(yīng)在雜種生產(chǎn)中的應(yīng)用 444
參考文獻(xiàn) 447
第二十三章選擇信號(hào)檢測(cè)方法及其統(tǒng)計(jì)學(xué)問題 452
**節(jié)人工選擇作用下的基因組印記 452
第二節(jié)選擇信號(hào)的類別 453
第三節(jié)選擇信號(hào)檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量 454
第四節(jié)選擇信號(hào)的基因組數(shù)據(jù)模擬軟件與統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn) 459
第五節(jié)畜禽基因組選擇信號(hào)的可靠性驗(yàn)證 461
第六節(jié)畜禽選擇信號(hào)檢測(cè)的影響因素與統(tǒng)計(jì)學(xué)問題 463
第七節(jié)機(jī)器學(xué)習(xí)在選擇信號(hào)上的應(yīng)用 464
第八節(jié)展望 465
參考文獻(xiàn) 466
第二十四章基因組編輯技術(shù)在豬育種中的研究進(jìn)展 470
**節(jié)基因編輯技術(shù) 470
第二節(jié)CRISPR/Cas9技術(shù)應(yīng)用與編輯效率評(píng)估 473
第三節(jié)基于CRISPR系統(tǒng)的功能基因組學(xué)研究 478
第四節(jié)基因組編輯分子育種技術(shù) 485
參考文獻(xiàn) 489
第二十五章豬作為醫(yī)學(xué)動(dòng)物模型的研究進(jìn)展 495
**節(jié)用于人類醫(yī)學(xué)研究的小型豬品種及特點(diǎn) 496
第二節(jié)豬作為人類神經(jīng)系統(tǒng)疾病模型的研究進(jìn)展 500
第三節(jié)豬作為人類心血管疾病模型的研究進(jìn)展 502
第四節(jié)豬作為人類 2型糖尿病模型的研究進(jìn)展 504
第五節(jié)豬作為人類其他疾病模型的研究進(jìn)展 511
參考文獻(xiàn) 515
第二十六章豬種質(zhì)特色基因發(fā)掘與中國(guó)地方豬種資源保護(hù)利用 519
**節(jié)豬種質(zhì)特色基因的發(fā)掘 519
第二節(jié)我國(guó)地方豬種資源概況 522
第三節(jié)中國(guó)地方豬遺傳資源的開發(fā)利用現(xiàn)狀 526
參考文獻(xiàn) 530
第二十七章豬的福利與育種 534
**節(jié)動(dòng)物福利的概念與豬福利涵蓋的內(nèi)容 534
第二節(jié)對(duì)動(dòng)物福利的科學(xué)評(píng)價(jià) 535
第三節(jié)國(guó)外關(guān)于動(dòng)物福利的立法與標(biāo)準(zhǔn) 540
第四節(jié)福利與動(dòng)物健康和性能表現(xiàn) 542
第五節(jié)豬的福利與育種目標(biāo)、選種措施 545
參考文獻(xiàn) 546
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豬重要性狀的組學(xué)遺傳基礎(chǔ)與改良 節(jié)選
**篇 概述 **章家豬起源和重要性狀的遺傳改良 **節(jié)家豬 一、家豬在生物分類學(xué)上的地位 關(guān)于豬的生物學(xué)分類及演化起源，動(dòng)物學(xué)家和考古學(xué)家在各階元的系統(tǒng)關(guān)系及分化時(shí)間上均有深入研究。家豬屬于哺乳綱（Mammalia），這一點(diǎn)毫無(wú)爭(zhēng)議，但是在豬的目級(jí)（order）分類單元名稱歸屬上，傳統(tǒng)的形態(tài)學(xué)、考古學(xué)與20世紀(jì)下半葉興盛的分子遺傳學(xué)證據(jù)很不一致。豬過去一直被歸于偶蹄目（Artiodactyla），但隨著分子遺傳學(xué)的發(fā)展，學(xué)者陸續(xù)發(fā)現(xiàn)鯨目（Cetacea）位于偶蹄目之內(nèi)，于是學(xué)術(shù)界開始質(zhì)疑傳統(tǒng)的偶蹄目作為完整單系群的分類地位是否合適（Gatesy and Dial，1996；Irwin et al.，1991）。有學(xué)者基于線粒體和12S序列，提出一個(gè)新目——鯨偶蹄目（Cetartiodactyla），即包含了之前的偶蹄目與鯨目，來解決偶蹄目并非單系群的問題（Montgelard et al.，1997），偶蹄目被降低為次級(jí)分類單元。后來的形態(tài)學(xué)和分子遺傳學(xué)手段進(jìn)一步支持了鯨偶蹄目高于偶蹄目的觀點(diǎn)（Boisserie et al.，2005）。至此，豬屬于鯨偶蹄目的進(jìn)化地位得以確定，與其演化關(guān)系比較近的動(dòng)物如牛、羊、駱駝、河馬、海豚、鯨等的關(guān)系也更加明確。近年來，分子和化石證據(jù)表明，鯨偶蹄目的分化晚于靈長(zhǎng)目（Primates，71～84Ma），但是早于食肉目（Carnivora，54～63Ma）。鯨偶蹄目分化時(shí)間為65～70Ma（Meredith et al.，2011），或者更早至80Ma左右（Zhou et al.，2011），該時(shí)間節(jié)點(diǎn)位于白堊紀(jì) -古近紀(jì)的生物大滅絕（Cretaceous-Paleogene extinction event，K-Pg）期間或附近，與眾多哺乳動(dòng)物目級(jí)分類單元的集中分化時(shí)期重疊，說明豬的目級(jí)祖先分化與古老地質(zhì)歷史事件有著重要關(guān)聯(lián)。 在科級(jí)（family）分類單元上，豬的分類地位也非常特殊。豬科（Suidae）相對(duì)于其他科進(jìn)化起源非常原始，位于鯨偶蹄目的基部位置，僅次于駱駝科（Camelidae）（Rubes et al.，2011），并與其于65Ma左右分開（Meredith et al.，2011）。豬科的昀近緣現(xiàn)存科為西貒科（Tayassuidae）（Rothschild and Ruvinsky，2011）。西貒科俗稱臭鼬豬或貒豬，昀早化石發(fā)現(xiàn)于泰國(guó)和中國(guó)，年代為37Ma左右，但目前現(xiàn)存種僅見于新大陸地區(qū)（北美西南部、中南美洲），該科下僅有3個(gè)單型屬，關(guān)系較為明確。相比之下，豬科則類目繁盛、分布廣泛，至今種間關(guān)系尚未完全厘清。豬科晚于始新世（Eocene Epoch），距今30Ma左右，形態(tài)學(xué)研究認(rèn)為豬科的分化晚于西貒科。豬科現(xiàn)存兩個(gè)亞科：鹿豚亞科（Babyrousinae）和豬亞科（Suinae）。鹿豚亞科在中新世中期分離出來，并形成了蘇拉威西島特有的古老世系（Frantz et al.，2016）。隨著晚中新世全球變冷，在化石記錄中出現(xiàn)了豬亞科，其在當(dāng)時(shí)幾乎取代了豬科下所有的其他亞科（Liu et al.，2019）。現(xiàn)存的鹿豚亞科是單型屬，有3個(gè)種，分布于印度尼西亞。相比之下，豬亞科則繁盛得多，共有3個(gè)屬，包含15或16個(gè)已識(shí)別的種，這些種多數(shù)分布于東南亞，其他的廣泛分布于歐亞大陸，部分種僅存于非洲。 目前發(fā)現(xiàn)的昀早的豬屬（Sus）化石來自晚中新世（6～5.3Ma）的歐洲，鑒于該化石群體起源于亞洲，所以豬屬的分化時(shí)間可能早至上新世（Groves and Grubb，1993）。東南亞諸島（ISEA）上新世早期 /中期（約4.1Ma）演化出若干豬種。在更新世早期之前，歐亞大陸的物種多樣性可能一直保持在相對(duì)較高的水平，直到野豬從東亞擴(kuò)散到世界各個(gè)角落。該擴(kuò)張與晚更新世時(shí)期人類的大規(guī)模擴(kuò)張相吻合。此前的研究表明，這也是歐亞大陸上大多數(shù)豬科物種消失的原因，并奠定了現(xiàn)代豬種的地理分布格局（Liu et al.，2019）（圖1-1）。目前豬屬包含10種（Groves and Grubb，2011），分別為：歐亞野豬 Sus scrofa（Eurasian wild boar）、爪哇野豬 Sus verrucosus（Javan pig）、婆羅洲須豬 Sus barbatus（bearded pig）、蘇拉威西島野豬 Sus celebensis（Sulawesi warty pig）、菲律賓野豬 Sus philippensis（Philippine warty pig）、米沙鄢野豬 Sus cebifrons（Visayan warty pig）、巴拉望須豬 Sus ahoenobarbus、印支野豬 Sus bucculentus、霍氏野豬 Sus heureni、民都洛疣豬 Sus oliveri。在種內(nèi)多樣性方面，豬的10個(gè)種內(nèi)亞種數(shù)目不一，總共大約22個(gè)亞種（Groves and Grubb，1993）。其中，歐亞野豬是唯一從眾多豬種中被成功馴化的種。豬屬內(nèi)各種地理分布廣泛，各亞種分布存在差異，且缺乏系統(tǒng)的分子或者形態(tài)學(xué)分析，尚不明確亞種的準(zhǔn)確個(gè)數(shù)和進(jìn)化地位，有待全球?qū)W者進(jìn)一步研究論證。 二、家豬的起源、馴化史與豬文化 目前認(rèn)為，東亞和歐洲家豬獨(dú)立起源于不同的馴化事件。歐亞野豬祖先群體擴(kuò)散至亞歐大陸到被人類馴化，中間經(jīng)歷了數(shù)百萬(wàn)年的時(shí)間，且進(jìn)化歷史非常復(fù)雜。遺傳學(xué)及化石證據(jù)表明，歐亞野豬的祖先自上新世（5.3～3.5Ma）的東南亞分化而來（Groenen et al.，2012）。野豬具有生存力強(qiáng)（幾乎能生存于所有野外棲息地，適應(yīng)環(huán)境溫度范圍為 –50～50℃）、生產(chǎn)能力強(qiáng)、食性廣、會(huì)游泳、群體活動(dòng)等優(yōu)良特點(diǎn)，使得種群能迅速?gòu)臇|南亞擴(kuò)散至亞歐大陸，同時(shí)在海平面降低的時(shí)期通過陸橋擴(kuò)散到各島嶼如中國(guó)臺(tái)灣蘭嶼、日本等（Larson et al.，2010）。目前發(fā)現(xiàn)的化石證據(jù)表明早更新世（約0.78Ma）的歐洲和中國(guó)（Rothschild and Ruvinsky，2011）已經(jīng)存在歐亞野豬。事實(shí)上，亞洲野豬自然擴(kuò)散到歐洲的時(shí)間可能更早。通過豬全基因組分析發(fā)現(xiàn)，歐亞野豬的深度遺傳分歧時(shí)間超過1Ma（Groenen et al.，2012），說明了歐亞野豬群體之間古老而持久的遷徙活動(dòng)和基因交流。核基因分析發(fā)現(xiàn)，中國(guó)南方野豬與東南亞野豬有較近的親緣關(guān)系，中國(guó)北方豬與歐洲野豬有更近的親緣關(guān)系（Ai et al.，2015），這可能暗示了豬由起源地往北再往西的自然遷徙路線。豬較強(qiáng)的遷徙能力及適應(yīng)性導(dǎo)致各地區(qū)豬種頻繁地基因交流，但是長(zhǎng)時(shí)間的地理隔離也造成了遺傳分隔。各地區(qū)的豬遺傳多樣性也有所差異。線粒體基因組和全基因組分析均顯示亞洲野豬的遺傳多樣性要明顯高于歐洲野豬，其主要原因在于亞洲是野豬的起源中心，是歐洲野豬基因庫(kù)的來源，所以保存了更多的單倍型。不同地區(qū)的豬在形態(tài)學(xué)、遺傳學(xué)、生態(tài)和行為等方面有較大差異，因此歐亞野豬也存在復(fù)雜的亞種分類。僅就我國(guó)的歐亞野豬而言，就有7個(gè)亞種（Smith et al.，2009；王應(yīng)祥，2003）：①喜馬拉雅亞種 S. s. cristatus Wagner，1839，分布于西藏南部和東南部；②新疆亞種S. s. nigripes Blanford，1875，分布于新疆（天山）；③東北亞種 S. s. ussuricus Heude，1888，分布于黑龍江、吉林、內(nèi)蒙古東部（大興安嶺）；④臺(tái)灣亞種 S. s. taivanus Swinhoe，1863，分布于臺(tái)灣；⑤江北亞種 S. s. mouupinensis Milne-Edwards，1871，分布于長(zhǎng)江與黃河之間的四川、青海、甘肅、寧夏、湖北、河南、山東、江蘇、安徽；⑥華南亞種 S. s. chiodontus Heude，1888，分布于長(zhǎng)江以南各地區(qū)，包括江蘇、安徽、上海、福建、廣東、廣西、湖南、湖北、重慶、貴州、浙江和江西；⑦印支亞種 S. s. taininensis Heude，1888，分布于云南南部、西南部、西部和中部無(wú)量山區(qū)、哀牢山區(qū)。由于靠近歐亞野豬的起源地，且南北山川地貌氣候差異巨大，我國(guó)大部分地區(qū)保留了異常豐富的豬亞種資源，如何保護(hù)和開發(fā)我國(guó)現(xiàn)有歐亞野豬資源顯得非常重要。 現(xiàn)存豬分布范圍覆蓋歐洲和亞洲的大部分地區(qū)，這一分布格局一方面源于豬的自然種群歷史動(dòng)態(tài)變化，同時(shí)又因?yàn)槿祟惖母蓴_而變得錯(cuò)綜復(fù)雜。根據(jù)豬被人類馴化的強(qiáng)弱，可以將其分為4種型：家豬、馴化的半野豬、野化豬和野豬（Massei and Genov，2004）。它們都可以追溯到一個(gè)共同祖先，并且可以互相交配產(chǎn)生可育后代。雖說如此，各地方的馴化豬往往是野豬就地馴化的結(jié)果（Larson et al.，2005）。一般來說，在古代商業(yè)活動(dòng)相對(duì)受限的地形復(fù)雜的地區(qū)，本地現(xiàn)存豬種更多保留了本地野豬的基因庫(kù)，所以研究發(fā)現(xiàn)歐洲和亞洲的本地品種豬主要來自附近的馴化中心，雖然馴化后可能因?yàn)檫x育的需要而引入了其他地方豬種的血緣（Giuffra et al.，2000）。目前豬可能的馴化中心有9個(gè)，散布于歐亞大陸（Rothschild and Ruvinsky，2011）。而在一些缺乏歐亞野豬自然分布的地區(qū)，像大洋洲和新大陸地區(qū)，現(xiàn)存豬主要來自人類殖民時(shí)代的引入。例如，哥倫布第二次航行為新世界帶來了**批豬（Burgos-Paz et al.，2013）。另外，在18世紀(jì)到19世紀(jì)早期，亞洲豬也因?yàn)檫x育需要而被進(jìn)口到歐洲。另外，在古代一些文明中心，也不乏人為因素導(dǎo)致的各地方豬的基因交流。古 DNA研究證明了在更久遠(yuǎn)的歷史文化時(shí)期如黃銅時(shí)代（約公元前1150年）的以色列豬擁有近東地區(qū)的單倍型，但是鐵器時(shí)代（約公元前900年）由于歐洲豬隨人類早期航海者遷徙至以色列地區(qū)，本地豬與外來歐洲豬經(jīng)過長(zhǎng)期的基因交流，本地豬的基因組至今保存著更多的歐洲單倍型而非過去的近東單倍型（Meiri et al.，2013）。這說明在某些人類活動(dòng)頻繁的地區(qū)，現(xiàn)存豬分布格局很可能受到過去人類活動(dòng)的影響，而不易保存過去的原始單倍型；诖笠(guī)模的全基因組重測(cè)序，也證實(shí)了豬在過去擴(kuò)張和馴化的過程中發(fā)生了廣泛的基因交流（Ai et al.，2015）。雖然全球各地的馴化豬均直接來自野豬，但是馴化豬和野豬在形態(tài)和分子層面卻存在巨大差異，相對(duì)野豬其存在一些“馴化綜合征（domestication syndrome）”（Wilkins et al.，2014），例如，馴化豬的腦容量平均比野豬小35%，性情溫和，毛色、耳朵、吻突等形態(tài)學(xué)有明顯變化，這些變化是人類馴化選擇的直接后果。Frantz等（2015）也認(rèn)為，家養(yǎng)性狀的反復(fù)選擇可能抵消了野豬基因流的同質(zhì)化效應(yīng)，并在基因組中形成了“馴化島”。 豬有很多適合馴化的優(yōu)良條件，如活動(dòng)范圍與人類一致、食性雜、產(chǎn)仔數(shù)多等，這給人類馴化野豬帶來便利。考古記錄發(fā)現(xiàn)，昀早馴化豬的骨骼發(fā)現(xiàn)于距今9000年左右的近東土耳其地區(qū)（Ervynck et al.，2001）。利用同位素分析古代動(dòng)物食性也發(fā)現(xiàn)了中國(guó)地區(qū)早期的馴化豬，如分析發(fā)現(xiàn)舞陽(yáng)賈湖遺址存在距今9000年左右的家豬骨骼（羅運(yùn)兵和張居中，2008）。距今10000年左右的河北徐水南莊頭遺址也出土了家豬的遺骸。從人類學(xué)角度來說，豬的馴化是人類從狩獵采集向農(nóng)業(yè)生活轉(zhuǎn)變過程中的一個(gè)巨大技術(shù)進(jìn)步。人類對(duì)野豬的馴化可能是一個(gè)逐步試驗(yàn)和解決危機(jī)的過程（Redding，2005）。在新石器時(shí)代農(nóng)業(yè)社會(huì)早期（距今13000～9000年），人類為了補(bǔ)充日常食物的不足，開始有意或無(wú)意地利用母豬生產(chǎn)肉食。首先人類為母豬提供額外的剩余食物或生活垃圾，使得母豬對(duì)人類產(chǎn)生了依賴，并允許它們與野外公豬自然交配，產(chǎn)生的后代中公豬被人類當(dāng)作主要肉食來源，母豬被留下來進(jìn)一步繁殖馴化，這樣就有了穩(wěn)定的肉食來源。但是野外公豬與人類食性相似，在早期農(nóng)業(yè)時(shí)代可能因?yàn)闅娜祟惙N植的谷物而被人類大規(guī)；蚨ㄆ卺鳙C。為了同時(shí)保證穩(wěn)定的
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