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微生物擴增子高通量測序數據分析 版權信息
- ISBN：9787122435286
- 條形碼：9787122435286 ; 978-7-122-43528-6
- 裝幀：平裝
- 冊數：暫無
- 重量：暫無
- 所屬分類：>
微生物擴增子高通量測序數據分析 本書特色
（1）內容新穎系統：本書重點介紹了微生物擴增子高通量測序數據格式和數據質控、擴增子高通量數據分析方法、微生物多樣性分析、微生物群落結構及差異分析、基因功能預測、微生物與環境因子關聯分析及相關可視化等內容。（2）入門易：遵循學習規律，入門實戰相結合。適用于零基礎的讀者，無需R、Python等編程基礎，理論 實戰案例，內容由淺入深，循序漸進，從入門中學習實戰應用，從實戰應用中激發學習興趣。引導零生信基礎讀者快速掌握微生物擴增子分析技術。 （3）實操性強：入門進階實戰，一步一圖易學，全程一個案例貫穿始終，從軟件安裝到數據處理繪圖一次搞定。內容所涉源文件和運行文件，可直接獲取、查看和對比學習，效率更高。
微生物擴增子高通量測序數據分析 內容簡介
本書重點介紹了微生物擴增子高通量測序數據格式和數據質控、擴增子高通量數據分析方法、微生物多樣性分析、微生物群落結構及差異分析、基因功能預測、微生物與環境因子關聯分析及相關可視化等內容，兼具分析理論和方法實操。從實驗設計、質量控制、數據分析到可視化圖表，由淺入深，循序漸進，為廣大讀者提供了一本系統的擴增子高通量測序數據分析的實戰工具書。
微生物擴增子高通量測序數據分析 目錄
第1章 測序數據001
1.1 示例數據 001
1.1.1 分析目標 002
1.1.2 采樣點概況 002
1.1.3 理化數據 003
1.1.4 擴增子高通量測序數據 004
1.2 文件類型 007
1.3 文件內容 008
1.3.1 FASTQ存儲格式特點 009
1.3.2 堿基質量 010
1.4 質量評估 012
1.4.1 評估方法 012
1.4.2 分析結果 013
1.4.3 總體樣本質量 023
第2章 擴增子高通量數據分析026
2.1 分析平臺 026
2.1.1 平臺介紹 027
2.1.2 平臺搭建 029
2.1.3 Ubuntu系統 032
2.2 構建特征表 036
2.2.1 數據導入 036
2.2.2 去噪 041
2.2.3 導出特征表 052
2.2.4 BIOM文件 053
2.3 物種注釋 055
2.3.1 參考數據庫 055
2.3.2 訓練分類器 056
2.3.3 物種組成 065
2.4 小結 069
第3章 微生物多樣性分析070
3.1 PAST軟件 070
3.2 Alpha多樣性 071
3.2.1 數據導入 072
3.2.2 計算多樣性指數 072
3.2.3 Alpha多樣性指數 075
3.3 稀釋曲線 077
3.4 Beta多樣性 079
3.4.1 數據導入 079
3.4.2 距離矩陣 080
3.4.3 UPGMA聚類分析 081
3.4.4 群落差異檢驗 083
3.4.5 排序分析 087
第4章 微生物群落結構及差異分析099
4.1 群落結構 099
4.1.1 百分比堆積柱狀圖 100
4.1.2 熱圖 104
4.1.3 韋恩圖 112
4.1.4 樣本–物種豐度關聯Circos弦裝圖 116
4.1.5 小結 119
4.2 差異分析 119
4.2.1 統計檢驗 119
4.2.2 LEfSe在線分析 124
第5章 基因功能預測131
5.1 PICRUSt2 131
5.1.1 配置環境 132
5.1.2 標準分步流程 133
5.1.3 KEGG通路層級匯總 145
5.2 Tax4Fun2 146
5.2.1 配置環境 147
5.2.2 運行分析 147
5.3 FAPROTAX 151
5.3.1 配置環境 152
5.3.2 數據準備 152
5.3.3 功能預測 153
5.4 代謝通路豐度柱狀圖 154
5.4.1 基于PICRUSt2輸出數據繪圖 154
5.4.2 基于Tax4Fun2輸出數據繪圖 156
5.4.3 基于FAPROTAX輸出數據繪圖 157
5.5 STAMP軟件 159
5.5.1 導入數據 159
5.5.2 假設檢驗 161
5.5.3 分析可視化 165
5.5.4 注意事項 168
第6章 微生物與環境因子關聯分析169
6.1 環境因子分析 169
6.2 冗余分析 170
6.2.1 分析原理 171
6.2.2 分析步驟 171
6.2.3 導出圖形 182
6.3 網絡分析 183
6.3.1 分析原理 184
6.3.2 Cytoscape 186
6.3.3 Gephi 192
6.4 隨機森林模型分析 199
6.4.1 分析原理 199
6.4.2 分析內容 200
參考文獻207
1.1 示例數據 001
1.1.1 分析目標 002
1.1.2 采樣點概況 002
1.1.3 理化數據 003
1.1.4 擴增子高通量測序數據 004
1.2 文件類型 007
1.3 文件內容 008
1.3.1 FASTQ存儲格式特點 009
1.3.2 堿基質量 010
1.4 質量評估 012
1.4.1 評估方法 012
1.4.2 分析結果 013
1.4.3 總體樣本質量 023
第2章 擴增子高通量數據分析026
2.1 分析平臺 026
2.1.1 平臺介紹 027
2.1.2 平臺搭建 029
2.1.3 Ubuntu系統 032
2.2 構建特征表 036
2.2.1 數據導入 036
2.2.2 去噪 041
2.2.3 導出特征表 052
2.2.4 BIOM文件 053
2.3 物種注釋 055
2.3.1 參考數據庫 055
2.3.2 訓練分類器 056
2.3.3 物種組成 065
2.4 小結 069
第3章 微生物多樣性分析070
3.1 PAST軟件 070
3.2 Alpha多樣性 071
3.2.1 數據導入 072
3.2.2 計算多樣性指數 072
3.2.3 Alpha多樣性指數 075
3.3 稀釋曲線 077
3.4 Beta多樣性 079
3.4.1 數據導入 079
3.4.2 距離矩陣 080
3.4.3 UPGMA聚類分析 081
3.4.4 群落差異檢驗 083
3.4.5 排序分析 087
第4章 微生物群落結構及差異分析099
4.1 群落結構 099
4.1.1 百分比堆積柱狀圖 100
4.1.2 熱圖 104
4.1.3 韋恩圖 112
4.1.4 樣本–物種豐度關聯Circos弦裝圖 116
4.1.5 小結 119
4.2 差異分析 119
4.2.1 統計檢驗 119
4.2.2 LEfSe在線分析 124
第5章 基因功能預測131
5.1 PICRUSt2 131
5.1.1 配置環境 132
5.1.2 標準分步流程 133
5.1.3 KEGG通路層級匯總 145
5.2 Tax4Fun2 146
5.2.1 配置環境 147
5.2.2 運行分析 147
5.3 FAPROTAX 151
5.3.1 配置環境 152
5.3.2 數據準備 152
5.3.3 功能預測 153
5.4 代謝通路豐度柱狀圖 154
5.4.1 基于PICRUSt2輸出數據繪圖 154
5.4.2 基于Tax4Fun2輸出數據繪圖 156
5.4.3 基于FAPROTAX輸出數據繪圖 157
5.5 STAMP軟件 159
5.5.1 導入數據 159
5.5.2 假設檢驗 161
5.5.3 分析可視化 165
5.5.4 注意事項 168
第6章 微生物與環境因子關聯分析169
6.1 環境因子分析 169
6.2 冗余分析 170
6.2.1 分析原理 171
6.2.2 分析步驟 171
6.2.3 導出圖形 182
6.3 網絡分析 183
6.3.1 分析原理 184
6.3.2 Cytoscape 186
6.3.3 Gephi 192
6.4 隨機森林模型分析 199
6.4.1 分析原理 199
6.4.2 分析內容 200
參考文獻207
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