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蛋白質晶體學與藥物發現 版權信息
- ISBN：9787122473219
- 條形碼：9787122473219 ; 978-7-122-47321-9
- 裝幀：平裝
- 冊數：暫無
- 重量：暫無
- 所屬分類：>>
蛋白質晶體學與藥物發現 本書特色
1.源于基礎，融于交叉 本書主要內容所介紹的蛋白質晶體研究是認知生命科學的基礎，涵蓋了生物、物理、數學、計算機、藥學等基礎學科；2.具有鮮明的學術性與原創性 本書將蛋白質晶體學有機融入基礎藥物的發現，學術價值較高；3.內容豐富，適用性強 本書內容凝聚了作者團隊多年研究成果的總結，內容可靠性高。4.四色彩印，更好的還原了圖中相關彩圖的表現形式。
蛋白質晶體學與藥物發現 內容簡介
本書為編寫團隊多年蛋白質研究工作的總結與數理，系統闡述了蛋白質晶體學研究的原理和方法，包括蛋白質純化、培養蛋白質晶體、X射線衍射實驗、數據處理和結構解析等方面內容，同時還詳細介紹了蛋白質晶體學在藥物研究中的應用，具有很強指導性和適用性強。 本書不僅可以為蛋白質晶體學的初學者提供參考，讓其快速了解蛋白質晶體學的研究方法和原理，同時也可以為從事藥物設計的學者在利用蛋白質晶體學研究藥物與蛋白相互作用時提供有力支撐。
蛋白質晶體學與藥物發現 目錄
第1章 蛋白質晶體學的重要性 001
1.1 什么是蛋白質晶體學 002
1.2 蛋白質晶體學的原理 003
1.3 蛋白質晶體學的意義 004
1.3.1 蛋白質生物功能挖掘的主要方法 004
1.3.2 靶向藥物研究的基礎 005
1.4 蛋白質結構的研究方法 012
1.4.1 X射線晶體衍射法 012
1.4.2 冷凍電鏡法 012
1.4.3 核磁共振波譜法 012
1.4.4 同源建模 014
1.4.5 AlphaFold 015
參考文獻 015第2章 蛋白質表達質粒的構建 017
2.1 表達質粒介紹 018
2.1.1 表達質粒的概念及其分類 018
2.1.2 表達質粒的圖譜解析 019
2.2 表達質粒構建 021
2.2.1 表達載體的選擇 021
2.2.2 目的基因的獲取 022
2.2.3 質粒的構建方法 023
2.3 質粒純化和轉化 026
2.3.1 質粒的純化 026
2.3.2 質粒的轉化 027
參考文獻 028第3章 蛋白質的表達與純化 029
3.1 蛋白表達系統 030
3.1.1 原核表達系統 030
3.1.2 真核表達系統 031
3.1.3 四種表達系統的對比 036
3.2 蛋白質純化的方法與原理 036
3.2.1 親和層析技術 037
3.2.2 分子排阻色譜法 041
3.2.3 離子交換色譜技術 041
3.3 蛋白質濃度測定 042
3.3.1 UV法測定蛋白質濃度 042
3.3.2 BCA法測定蛋白質濃度 043
3.3.3 Bradford法測定蛋白質濃度 043
參考文獻 044第4章 蛋白質晶體的培養 046
4.1 什么是蛋白質晶體 047
4.2 蛋白質晶體形成的原理 048
4.3 蛋白質晶體培養的方法 050
4.4 蛋白質晶體形成的影響因素及條件篩選 052
4.4.1 蛋白質晶體形成的影響因素 052
4.4.2 蛋白質晶體培養的條件篩選及優化方法 053
4.5 蛋白質晶體的撈取和冷凍保存 055
4.5.1 蛋白質晶體的撈取 055
4.5.2 蛋白質晶體的冷凍保存 056
4.6 蛋白質晶體的運輸 058
參考文獻 059第5章 X射線衍射的原理 060
5.1 什么是X射線 061
5.2 怎么產生X射線 062
5.3 蛋白質晶體學為什么需要X射線 064
5.4 X衍射的產生 065
5.5 同步輻射光源 066
參考文獻 068第6章 蛋白質晶體幾何學基礎 069
6.1 蛋白質晶系 070
6.1.1 蛋白質晶體的組成 070
6.1.2 蛋白質晶系類型 071
6.2 蛋白質晶體的對稱性 075
6.3 蛋白質晶體的空間群 079
6.4 國際晶體學空間群表 083
6.4.1 對稱操作方向 083
6.4.2 空間群P1 083
6.4.3 空間群P21 085
6.4.4 空間群C2 086
6.4.5 空間群P21 21 2 087
6.4.6 空間群P21 21 21 088
6.4.7 空間群C2 2 21 090
6.4.8 空間群I21 21 21 092
6.5 蛋白質晶體的衍射基礎 095
6.5.1 蛋白質晶體發生X衍射的條件 095
6.5.2 晶格平面與衍射圖案之間的關系 101
6.6 蛋白質晶體數據的分辨率 105
參考文獻 107第7章 蛋白質晶體的數據收集 109
7.1 同步輻射光源線站 110
7.2 蛋白質晶體的上樣 110
7.3 收集參數設置與數據收集 111
7.3.1 樣品與檢測器的距離 112
7.3.2 曝光時間 112
7.3.3 旋轉角度 113
7.3.4 檢測限和檢測飽和 114
7.3.5 光斑大小 115
7.3.6 輻射損傷 116
7.3.7 波長 117
7.3.8 數據收集 117
7.4 衍射圖案包含的信息 118
參考文獻 120第8章 蛋白質晶體結構解析 121
8.1 數據質量分析 122
8.1.1 蛋白質晶體可能存在的缺陷 122
8.1.2 數據質量相關的常見概念 127
8.2 原始數據處理 129
8.2.1 數據檢索 130
8.2.2 數據整合 134
8.2.3 數據合并和簡化 135
8.2.4 數據質量判斷 137
8.3 相位的確定 138
8.3.1 相位問題 138
8.3.2 解決相位的方法 140
8.4 電子云密度圖 143
8.4.1 差異密度圖 143
8.4.2 帕特森圖 144
8.5 模型構建及優化 145
8.5.1 模型的建立 145
8.5.2 結構的修正和優化 146
8.6 結構上傳 148
8.6.1 Deposition ID申請 148
8.6.2 文件上傳 149
8.6.3 文件處理及總結 149
8.6.4 完善信息 149
8.6.5 數據收集及優化統計表 150
8.7 結構解析案例 151
8.7.1 常見的分子置換 151
8.7.2 數據存在tNCS的處理方式 153
8.7.3 用AlphaFold協助結構解析 155
參考文獻 156第9章 蛋白質晶體學軟件介紹 158
9.1 數據處理軟件 159
9.1.1 HKL2000 159
9.1.2 XDS 160
9.1.3 CCP4 161
9.1.4 Phenix 161
9.2 數據質量分析軟件 162
9.2.1 Xtriage 162
9.2.2 AIMLESS 165
9.3 分子置換軟件 165
9.3.1 Phaser 165
9.3.2 Molrep 166
9.4 優化軟件 167
9.5 修正軟件 167
參考文獻 168第10章 靶向藥物的篩選方法 169
10.1 藥物與蛋白質相互作用大小的表示方式 170
10.2 藥物與蛋白質相互作用研究方法 172
10.2.1 酶活測試方法 172
10.2.2 表面等離子體共振 173
10.2.3 生物膜干涉技術 174
10.2.4 微量熱泳動技術 176
10.2.5 熒光偏振實驗 177
10.2.6 熒光共振能量轉移 180
10.2.7 等溫滴定量熱法 182
10.2.8 Pull-down實驗 183
10.2.9 LC/MS實驗 183
10.2.10 核磁共振波譜 185
10.2.11 蛋白質晶體學方法 185
參考文獻 187第11章 蛋白質晶體學在藥物發現中的應用 189
11.1 藥物和蛋白質復合物晶體的培養 190
11.1.1 共孵育 190
11.1.2 浸泡 190
11.2 藥物的確認和結構的構建 191
11.2.1 藥物的確認 191
11.2.2 藥物結構的構建 191
11.3 蛋白質晶體結構在藥物篩選中的應用 192
11.3.1 虛擬篩選 192
11.3.2 從頭藥物設計 192
11.3.3 結構修飾改造 192
參考文獻 194
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蛋白質晶體學與藥物發現 作者簡介
張壽德，男，1984年生，青海大學三江源生態與高原農牧業國家重點實驗室/青海大學醫學院藥學系教授，2012年博士畢業于上海交通大學，專業為藥學，2014-2016年在瑞典卡羅林斯卡醫學院完成博士后研究，主要從事蛋白質晶體學研究，具有豐富的交叉學科研究經歷，主持過2兩項國家自然基金項目，發表過30余篇SCI論文，目前為青海大學生物醫藥方向博士生導師，主要從事藥物分子與靶標蛋白的相互作用研究，同時為藥學專業和中藥學專業本科、研究生授《藥物分析》《新藥研究思路與方法》《高等天然藥物》《計算機輔助藥物設計》等課程。
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