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蛋白質(zhì)晶體學(xué)與藥物發(fā)現(xiàn) 版權(quán)信息
- ISBN：9787122473219
- 條形碼：9787122473219 ; 978-7-122-47321-9
- 裝幀：平裝
- 冊數(shù)：暫無
- 重量：暫無
- 所屬分類：>>
蛋白質(zhì)晶體學(xué)與藥物發(fā)現(xiàn) 本書特色
1.源于基礎(chǔ)，融于交叉 本書主要內(nèi)容所介紹的蛋白質(zhì)晶體研究是認(rèn)知生命科學(xué)的基礎(chǔ)，涵蓋了生物、物理、數(shù)學(xué)、計算機(jī)、藥學(xué)等基礎(chǔ)學(xué)科；2.具有鮮明的學(xué)術(shù)性與原創(chuàng)性 本書將蛋白質(zhì)晶體學(xué)有機(jī)融入基礎(chǔ)藥物的發(fā)現(xiàn)，學(xué)術(shù)價值較高；3.內(nèi)容豐富，適用性強(qiáng) 本書內(nèi)容凝聚了作者團(tuán)隊(duì)多年研究成果的總結(jié)，內(nèi)容可靠性高。4.四色彩印，更好的還原了圖中相關(guān)彩圖的表現(xiàn)形式。
蛋白質(zhì)晶體學(xué)與藥物發(fā)現(xiàn) 內(nèi)容簡介
本書為編寫團(tuán)隊(duì)多年蛋白質(zhì)研究工作的總結(jié)與數(shù)理，系統(tǒng)闡述了蛋白質(zhì)晶體學(xué)研究的原理和方法，包括蛋白質(zhì)純化、培養(yǎng)蛋白質(zhì)晶體、X射線衍射實(shí)驗(yàn)、數(shù)據(jù)處理和結(jié)構(gòu)解析等方面內(nèi)容，同時還詳細(xì)介紹了蛋白質(zhì)晶體學(xué)在藥物研究中的應(yīng)用，具有很強(qiáng)指導(dǎo)性和適用性強(qiáng)。 本書不僅可以為蛋白質(zhì)晶體學(xué)的初學(xué)者提供參考，讓其快速了解蛋白質(zhì)晶體學(xué)的研究方法和原理，同時也可以為從事藥物設(shè)計的學(xué)者在利用蛋白質(zhì)晶體學(xué)研究藥物與蛋白相互作用時提供有力支撐。
蛋白質(zhì)晶體學(xué)與藥物發(fā)現(xiàn) 目錄
第1章 蛋白質(zhì)晶體學(xué)的重要性 001
1.1 什么是蛋白質(zhì)晶體學(xué) 002
1.2 蛋白質(zhì)晶體學(xué)的原理 003
1.3 蛋白質(zhì)晶體學(xué)的意義 004
1.3.1 蛋白質(zhì)生物功能挖掘的主要方法 004
1.3.2 靶向藥物研究的基礎(chǔ) 005
1.4 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的研究方法 012
1.4.1 X射線晶體衍射法 012
1.4.2 冷凍電鏡法 012
1.4.3 核磁共振波譜法 012
1.4.4 同源建模 014
1.4.5 AlphaFold 015
參考文獻(xiàn) 015第2章 蛋白質(zhì)表達(dá)質(zhì)粒的構(gòu)建 017
2.1 表達(dá)質(zhì)粒介紹 018
2.1.1 表達(dá)質(zhì)粒的概念及其分類 018
2.1.2 表達(dá)質(zhì)粒的圖譜解析 019
2.2 表達(dá)質(zhì)粒構(gòu)建 021
2.2.1 表達(dá)載體的選擇 021
2.2.2 目的基因的獲取 022
2.2.3 質(zhì)粒的構(gòu)建方法 023
2.3 質(zhì)粒純化和轉(zhuǎn)化 026
2.3.1 質(zhì)粒的純化 026
2.3.2 質(zhì)粒的轉(zhuǎn)化 027
參考文獻(xiàn) 028第3章 蛋白質(zhì)的表達(dá)與純化 029
3.1 蛋白表達(dá)系統(tǒng) 030
3.1.1 原核表達(dá)系統(tǒng) 030
3.1.2 真核表達(dá)系統(tǒng) 031
3.1.3 四種表達(dá)系統(tǒng)的對比 036
3.2 蛋白質(zhì)純化的方法與原理 036
3.2.1 親和層析技術(shù) 037
3.2.2 分子排阻色譜法 041
3.2.3 離子交換色譜技術(shù) 041
3.3 蛋白質(zhì)濃度測定 042
3.3.1 UV法測定蛋白質(zhì)濃度 042
3.3.2 BCA法測定蛋白質(zhì)濃度 043
3.3.3 Bradford法測定蛋白質(zhì)濃度 043
參考文獻(xiàn) 044第4章 蛋白質(zhì)晶體的培養(yǎng) 046
4.1 什么是蛋白質(zhì)晶體 047
4.2 蛋白質(zhì)晶體形成的原理 048
4.3 蛋白質(zhì)晶體培養(yǎng)的方法 050
4.4 蛋白質(zhì)晶體形成的影響因素及條件篩選 052
4.4.1 蛋白質(zhì)晶體形成的影響因素 052
4.4.2 蛋白質(zhì)晶體培養(yǎng)的條件篩選及優(yōu)化方法 053
4.5 蛋白質(zhì)晶體的撈取和冷凍保存 055
4.5.1 蛋白質(zhì)晶體的撈取 055
4.5.2 蛋白質(zhì)晶體的冷凍保存 056
4.6 蛋白質(zhì)晶體的運(yùn)輸 058
參考文獻(xiàn) 059第5章 X射線衍射的原理 060
5.1 什么是X射線 061
5.2 怎么產(chǎn)生X射線 062
5.3 蛋白質(zhì)晶體學(xué)為什么需要X射線 064
5.4 X衍射的產(chǎn)生 065
5.5 同步輻射光源 066
參考文獻(xiàn) 068第6章 蛋白質(zhì)晶體幾何學(xué)基礎(chǔ) 069
6.1 蛋白質(zhì)晶系 070
6.1.1 蛋白質(zhì)晶體的組成 070
6.1.2 蛋白質(zhì)晶系類型 071
6.2 蛋白質(zhì)晶體的對稱性 075
6.3 蛋白質(zhì)晶體的空間群 079
6.4 國際晶體學(xué)空間群表 083
6.4.1 對稱操作方向 083
6.4.2 空間群P1 083
6.4.3 空間群P21 085
6.4.4 空間群C2 086
6.4.5 空間群P21 21 2 087
6.4.6 空間群P21 21 21 088
6.4.7 空間群C2 2 21 090
6.4.8 空間群I21 21 21 092
6.5 蛋白質(zhì)晶體的衍射基礎(chǔ) 095
6.5.1 蛋白質(zhì)晶體發(fā)生X衍射的條件 095
6.5.2 晶格平面與衍射圖案之間的關(guān)系 101
6.6 蛋白質(zhì)晶體數(shù)據(jù)的分辨率 105
參考文獻(xiàn) 107第7章 蛋白質(zhì)晶體的數(shù)據(jù)收集 109
7.1 同步輻射光源線站 110
7.2 蛋白質(zhì)晶體的上樣 110
7.3 收集參數(shù)設(shè)置與數(shù)據(jù)收集 111
7.3.1 樣品與檢測器的距離 112
7.3.2 曝光時間 112
7.3.3 旋轉(zhuǎn)角度 113
7.3.4 檢測限和檢測飽和 114
7.3.5 光斑大小 115
7.3.6 輻射損傷 116
7.3.7 波長 117
7.3.8 數(shù)據(jù)收集 117
7.4 衍射圖案包含的信息 118
參考文獻(xiàn) 120第8章 蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)解析 121
8.1 數(shù)據(jù)質(zhì)量分析 122
8.1.1 蛋白質(zhì)晶體可能存在的缺陷 122
8.1.2 數(shù)據(jù)質(zhì)量相關(guān)的常見概念 127
8.2 原始數(shù)據(jù)處理 129
8.2.1 數(shù)據(jù)檢索 130
8.2.2 數(shù)據(jù)整合 134
8.2.3 數(shù)據(jù)合并和簡化 135
8.2.4 數(shù)據(jù)質(zhì)量判斷 137
8.3 相位的確定 138
8.3.1 相位問題 138
8.3.2 解決相位的方法 140
8.4 電子云密度圖 143
8.4.1 差異密度圖 143
8.4.2 帕特森圖 144
8.5 模型構(gòu)建及優(yōu)化 145
8.5.1 模型的建立 145
8.5.2 結(jié)構(gòu)的修正和優(yōu)化 146
8.6 結(jié)構(gòu)上傳 148
8.6.1 Deposition ID申請 148
8.6.2 文件上傳 149
8.6.3 文件處理及總結(jié) 149
8.6.4 完善信息 149
8.6.5 數(shù)據(jù)收集及優(yōu)化統(tǒng)計表 150
8.7 結(jié)構(gòu)解析案例 151
8.7.1 常見的分子置換 151
8.7.2 數(shù)據(jù)存在tNCS的處理方式 153
8.7.3 用AlphaFold協(xié)助結(jié)構(gòu)解析 155
參考文獻(xiàn) 156第9章 蛋白質(zhì)晶體學(xué)軟件介紹 158
9.1 數(shù)據(jù)處理軟件 159
9.1.1 HKL2000 159
9.1.2 XDS 160
9.1.3 CCP4 161
9.1.4 Phenix 161
9.2 數(shù)據(jù)質(zhì)量分析軟件 162
9.2.1 Xtriage 162
9.2.2 AIMLESS 165
9.3 分子置換軟件 165
9.3.1 Phaser 165
9.3.2 Molrep 166
9.4 優(yōu)化軟件 167
9.5 修正軟件 167
參考文獻(xiàn) 168第10章 靶向藥物的篩選方法 169
10.1 藥物與蛋白質(zhì)相互作用大小的表示方式 170
10.2 藥物與蛋白質(zhì)相互作用研究方法 172
10.2.1 酶活測試方法 172
10.2.2 表面等離子體共振 173
10.2.3 生物膜干涉技術(shù) 174
10.2.4 微量熱泳動技術(shù) 176
10.2.5 熒光偏振實(shí)驗(yàn) 177
10.2.6 熒光共振能量轉(zhuǎn)移 180
10.2.7 等溫滴定量熱法 182
10.2.8 Pull-down實(shí)驗(yàn) 183
10.2.9 LC/MS實(shí)驗(yàn) 183
10.2.10 核磁共振波譜 185
10.2.11 蛋白質(zhì)晶體學(xué)方法 185
參考文獻(xiàn) 187第11章 蛋白質(zhì)晶體學(xué)在藥物發(fā)現(xiàn)中的應(yīng)用 189
11.1 藥物和蛋白質(zhì)復(fù)合物晶體的培養(yǎng) 190
11.1.1 共孵育 190
11.1.2 浸泡 190
11.2 藥物的確認(rèn)和結(jié)構(gòu)的構(gòu)建 191
11.2.1 藥物的確認(rèn) 191
11.2.2 藥物結(jié)構(gòu)的構(gòu)建 191
11.3 蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)在藥物篩選中的應(yīng)用 192
11.3.1 虛擬篩選 192
11.3.2 從頭藥物設(shè)計 192
11.3.3 結(jié)構(gòu)修飾改造 192
參考文獻(xiàn) 194
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蛋白質(zhì)晶體學(xué)與藥物發(fā)現(xiàn) 作者簡介
張壽德，男，1984年生，青海大學(xué)三江源生態(tài)與高原農(nóng)牧業(yè)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室/青海大學(xué)醫(yī)學(xué)院藥學(xué)系教授，2012年博士畢業(yè)于上海交通大學(xué)，專業(yè)為藥學(xué)，2014-2016年在瑞典卡羅林斯卡醫(yī)學(xué)院完成博士后研究，主要從事蛋白質(zhì)晶體學(xué)研究，具有豐富的交叉學(xué)科研究經(jīng)歷，主持過2兩項(xiàng)國家自然基金項(xiàng)目，發(fā)表過30余篇SCI論文，目前為青海大學(xué)生物醫(yī)藥方向博士生導(dǎo)師，主要從事藥物分子與靶標(biāo)蛋白的相互作用研究，同時為藥學(xué)專業(yè)和中藥學(xué)專業(yè)本科、研究生授《藥物分析》《新藥研究思路與方法》《高等天然藥物》《計算機(jī)輔助藥物設(shè)計》等課程。
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