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基因組遺傳大數(shù)據(jù)分析方法 版權(quán)信息
- ISBN：9787030794796
- 條形碼：9787030794796 ; 978-7-03-079479-6
- 裝幀：精裝
- 冊(cè)數(shù)：暫無(wú)
- 重量：暫無(wú)
- 所屬分類(lèi)：>>
基因組遺傳大數(shù)據(jù)分析方法 內(nèi)容簡(jiǎn)介
本書(shū)圍繞基因組遺傳大數(shù)據(jù)分析的基本方法，首先介紹了遺傳變異和表觀遺傳變異的基本概念，接著介紹了相關(guān)分析方法及軟件，包括全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS)、全基因組交互作用分析、連鎖不平衡分析、全基因組單倍型關(guān)聯(lián)分析、表達(dá)數(shù)量性狀位點(diǎn)（eQTL)分析、全表觀組關(guān)聯(lián)分析（EWAS）、全表觀組單倍型關(guān)聯(lián)分析、多基因風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分等。同時(shí)也介紹了相關(guān)方法在生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用，如疾病早期診斷、疾病風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估等。*后介紹了全基因組測(cè)序數(shù)據(jù)分析、全外顯子測(cè)序數(shù)據(jù)分析、全基因組亞硫酸 鹽測(cè)序數(shù)據(jù)分析的詳細(xì)過(guò)程。
基因組遺傳大數(shù)據(jù)分析方法 目錄
目錄基礎(chǔ)篇**章 遺傳和表觀遺傳相關(guān)概念 31.1 遺傳變異 31.2 表觀遺傳變異 5第二章 遺傳變異大數(shù)據(jù)及分析軟件 102.1 遺傳變異數(shù)據(jù) 102.2 全基因組連鎖不平衡分析軟件 112.3 遺傳關(guān)聯(lián)檢驗(yàn)的統(tǒng)計(jì)方法 132.4 全基因組交互作用分析 152.5 遺傳變異中的其他分析工具 172.6 候選基因SNP分析平臺(tái)的開(kāi)發(fā)與應(yīng)用 19第三章 表觀遺傳變異大數(shù)據(jù) 343.1 芯片數(shù)據(jù) 343.2 測(cè)序數(shù)據(jù) 35第四章 全基因組關(guān)聯(lián)分析 394.1 簡(jiǎn)介 394.2 分析方法 394.3 全基因組關(guān)聯(lián)分析軟件 444.4 GWAS的擴(kuò)展分析 45第五章 全表觀基因組關(guān)聯(lián)分析 485.1 簡(jiǎn)介 485.2 表觀基因組meta分析 495.3 表觀基因組關(guān)聯(lián)分析軟件的開(kāi)發(fā)與應(yīng)用 515.4 表觀組關(guān)聯(lián)研究數(shù)據(jù)庫(kù) 86第六章 全基因組單倍型關(guān)聯(lián)分析 1036.1 單倍型介紹 1036.2單倍型分析 1046.3 常用軟件 106第七章 全表觀組單倍型關(guān)聯(lián)分析 1097.1 簡(jiǎn)介 1097.2單甲基化多態(tài)性 1097.3 DNA甲基化不平衡 112第八章 遺傳變異與轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析 1178.1 eQTL的發(fā)展歷史 1178.2 eQTL的識(shí)別及下游分析 1208.3 eQTL分析常用工具 1238.4 eQTL分析常用數(shù)據(jù)資源 126第九章 遺傳變異對(duì)大分子結(jié)構(gòu)的影響 1309.1 SNP和RNA結(jié)構(gòu) 1309.2 SNP與蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) 1319.3 常用軟件 133第十章 基于遺傳數(shù)據(jù)的多基因風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分 13910.1 多基因風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分簡(jiǎn)介及現(xiàn)狀 13910.2 基于基因組學(xué)的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估 14110.3 基于SNP的風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)網(wǎng)絡(luò) 14410.4 基于表觀基因組學(xué)的風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè) 14410.5 iPed的開(kāi)發(fā)與應(yīng)用 145應(yīng)用篇第十一章 重大疾病單倍型關(guān)聯(lián)研究方法 15711.1 乳頭狀腎細(xì)胞癌簡(jiǎn)介 15711.2 數(shù)據(jù)與預(yù)處理 15711.3 識(shí)別DNA甲基化不平衡塊 15911.4 識(shí)別甲基化單倍型 16111.5 乳頭狀腎細(xì)胞癌表觀組范圍內(nèi)單倍型關(guān)聯(lián)分析 16211.6 基因注釋 164第十二章 DNA甲基化位點(diǎn)的人群差異分析 17512.1 歐非人群的數(shù)據(jù)來(lái)源 17512.2 歐非人群數(shù)據(jù)的預(yù)處理 17512.3 比較歐非人群SMP等位基因頻率分布的差異與相似性 17812.4 比較歐非人群SMP等位基因關(guān)聯(lián)的差異與相似性 183第十三章 甲基化不平衡模式上的差異分析 19113.1 比較CEU和YRI人群的甲基化不平衡和連鎖不平衡模式 19113.2 比較SMP甲基化不平衡和SNP連鎖不平衡之間的相似性 19213.3 比較CEU和YRI人群MD塊的差異 19413.4 CEU和YRI人群共享MD塊、LD塊區(qū)域 19613.5 CEU和YRI人群的甲基化單倍型差異 199成果篇第十四章 表觀遺傳標(biāo)志物的應(yīng)用 20314.1 表觀遺傳標(biāo)志物在疾病風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估中的作用 20314.2 表觀遺傳標(biāo)志物在典型疾病中的生物學(xué)意義和臨床轉(zhuǎn)化應(yīng)用 204第十五章 eQTL的應(yīng)用 21015.1 類(lèi)風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎 21015.2 2型糖尿病 21015.3 乳腺癌 21115.4 精神分裂癥 212第十六章 SNP對(duì)疾病中大分子結(jié)構(gòu)的影響及生物學(xué)意義 21416.1 鐵蛋白輕鏈5'-UTR中的鐵反應(yīng)元件 21416.2 驅(qū)動(dòng)亞途徑 21416.3 乙酰轉(zhuǎn)移酶-2 21416.4 RAC1 215第十七章 疾病的風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè) 21717.1 心血管疾病 21717.2 2型糖尿病 21717.3 乳腺癌 21717.4 前列腺癌 218展望篇第十八章 局限與展望 22318.1 EWAS的發(fā)展 22318.2 單倍型結(jié)論和未來(lái)方向 22418.3 eQTL現(xiàn)狀與未來(lái) 22518.4 SNP對(duì)一系列大分子結(jié)構(gòu)影響的討論 226操作實(shí)現(xiàn)方法篇第十九章 全基因組亞硫酸氫鹽測(cè)序數(shù)據(jù)分析 23119.1 全基因組亞硫酸氫鹽測(cè)序數(shù)據(jù)處理工具概述及安裝使用 23119.2 WGBS數(shù)據(jù)處理示例 241第二十章 全基因組測(cè)序數(shù)據(jù)分析 24720.1 WGS數(shù)據(jù)處理工具概述及安裝運(yùn)用 24720.2 WGS數(shù)據(jù)處理示例 256第二十—章 全外顯子測(cè)序數(shù)據(jù)分析 26321.1 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 26321.2 WES數(shù)據(jù)處理示例 263
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基因組遺傳大數(shù)據(jù)分析方法 作者簡(jiǎn)介
1999-2003，本科，東北師范大學(xué)，數(shù)學(xué)與統(tǒng)計(jì)學(xué)院，統(tǒng)計(jì)學(xué)。 2006-2011，碩博連讀，哈爾濱醫(yī)科大學(xué)，生物信息科學(xué)與技術(shù)學(xué)院，統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)。2010-2012，講師，哈爾濱醫(yī)科大學(xué)，生物信息科學(xué)與技術(shù)學(xué)院，統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)教研室 2012-2018，副教授，哈爾濱醫(yī)科大學(xué)，生物信息科學(xué)與技術(shù)學(xué)院，統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)教研室 2018-今，教授，哈爾濱醫(yī)科大學(xué)，生物信息科學(xué)與技術(shù)學(xué)院，統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)教研室生物信息科學(xué)與技術(shù)學(xué)院，統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)1.國(guó)家自然科學(xué)基金數(shù)學(xué)天元基金，"統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)"，項(xiàng)目編號(hào)12026414，負(fù)責(zé)人（本書(shū)依托項(xiàng)目）； 2.國(guó)家自然科學(xué)基金重大研究計(jì)劃，"重大疾病基因組遺傳大數(shù)據(jù)資源平臺(tái)建設(shè)及其示范應(yīng)用"，項(xiàng)目編號(hào)92046018，負(fù)責(zé)人（本書(shū)依托項(xiàng)目）； 3.國(guó)家自然科學(xué)基金重大研究計(jì)劃，"基于基因組大數(shù)據(jù)的類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)警研究"，項(xiàng)目編號(hào)91746113，負(fù)責(zé)人（本書(shū)依托項(xiàng)目）。2022~至今 國(guó)際頂級(jí)期刊《Briefings in Bioinformatics》執(zhí)行編輯（全球共5人），期刊在數(shù)學(xué)與計(jì) 算生物學(xué)領(lǐng)域全球排名第1，5年SCI影響因子10.6 2017~2022 國(guó)際頂級(jí)期刊《Briefings in Bioinformatics》學(xué)術(shù)編輯 2023~至今, 中國(guó)生物信息學(xué)會(huì),多組學(xué)與整合生物學(xué)專(zhuān)委會(huì),常委 2023~至今 中國(guó)生物信息學(xué)會(huì)，系統(tǒng)生物學(xué)專(zhuān)委會(huì)，委員 2023~至今 黑龍江省生物信息學(xué)會(huì)，常務(wù)理事 2019~至今 中國(guó)計(jì)算機(jī)學(xué)會(huì)，生物信息學(xué)專(zhuān)委會(huì)，執(zhí)行委員 2020~至今 中國(guó)自動(dòng)化學(xué)會(huì)，智能健康與生物信息專(zhuān)委會(huì)，委員 2018~至今 中國(guó)微循環(huán)學(xué)會(huì)，神經(jīng)康復(fù)專(zhuān)委會(huì)，委員 2020~至今 黑龍江省人工智能學(xué)會(huì)，生物信息學(xué)專(zhuān)委會(huì)，委員 2019~至今 黑龍江省慢性病管理學(xué)會(huì)，中西醫(yī)結(jié)合自身免疫疾病分會(huì)，委員
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