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生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析叢書:生物學(xué)家必備大數(shù)據(jù)實(shí)用計(jì)算技巧
包郵 生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析叢書:生物學(xué)家必備大數(shù)據(jù)實(shí)用計(jì)算技巧
作者：陳士超
開(kāi)本：
16開(kāi)
頁(yè)數(shù)：
474
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生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析叢書:生物學(xué)家必備大數(shù)據(jù)實(shí)用計(jì)算技巧 版權(quán)信息
- ISBN：9787030644909
- 條形碼：9787030644909 ; 978-7-03-064490-9
- 裝幀：平裝
- 冊(cè)數(shù)：暫無(wú)
- 重量：暫無(wú)
- 所屬分類：>>
生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析叢書:生物學(xué)家必備大數(shù)據(jù)實(shí)用計(jì)算技巧 內(nèi)容簡(jiǎn)介
面對(duì)生物數(shù)據(jù)的急速增長(zhǎng)，對(duì)大數(shù)據(jù)的分析處理能力是生物學(xué)家普遍缺乏又急需掌握的能力。《生物學(xué)家**大數(shù)據(jù)實(shí)用計(jì)算技巧》是在作者開(kāi)發(fā)計(jì)算工具和幫助許多生物學(xué)家解決計(jì)算問(wèn)題時(shí)總結(jié)經(jīng)驗(yàn)的基礎(chǔ)上誕生的，是針對(duì)生物學(xué)家撰寫的簡(jiǎn)明實(shí)用教程它將一系列強(qiáng)大而靈活的實(shí)用工具匯集到一起，容易學(xué)習(xí)入門。《生物學(xué)家**大數(shù)據(jù)實(shí)用計(jì)算技巧》內(nèi)容以分子生物信息學(xué)數(shù)據(jù)為主，但也適用于多種其他生物數(shù)據(jù)的分析工作。《生物學(xué)家**大數(shù)據(jù)實(shí)用計(jì)算技巧》原版問(wèn)世至今，一直是歐美高校生物專業(yè)和相關(guān)研究機(jī)構(gòu)**的熱銷圖書。
生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析叢書:生物學(xué)家必備大數(shù)據(jù)實(shí)用計(jì)算技巧 目錄
目錄在開(kāi)始之前 1引言 1為什么要寫這本書？ 1為什么只針對(duì)生物學(xué)家？ 2需要使用特定計(jì)算機(jī)或程序嗎？ 2寫給使用這本書自學(xué)的讀者 3寫給使用這本書的教師 3超越這本書 4如何使用好這本書 4**部分 文 本 文 件第1章 開(kāi)始設(shè)置 9關(guān)于文本文件的操作介紹 9什么是文本文件 9在一個(gè)文本文件內(nèi)組織數(shù)據(jù) 10文本編輯器 11安裝TextWrangler 11在文本編輯器里優(yōu)化文本外觀 12行尾結(jié)束符 13示例文件 13安裝示例文件 14探索示例文件 14總結(jié) 15第2章 正則表達(dá)式：強(qiáng)大的搜索和替換 16一種用于搜索和替換的廣泛語(yǔ)言 16了解這個(gè)新工具箱的組件 17設(shè)置文本編輯器 17你的**個(gè)通配符：\w 代替字母和數(shù)字 19用()來(lái)捕獲文本 20量詞：用 來(lái)對(duì)應(yīng)一個(gè)或多個(gè)實(shí)體 21用\進(jìn)行標(biāo)點(diǎn)符號(hào)字符轉(zhuǎn)義 23更為特殊的搜索項(xiàng)：\s\t\r\d 24示例：分子數(shù)據(jù)文件的重新格式化 25關(guān)于生成正則表達(dá)式的評(píng)論 26總結(jié) 27第3章 探索正則表達(dá)式的靈活性 28字符集：定義你自己的通配符 28用[]定義定制的字符集 28應(yīng)用自定義字符集 28否定字符集：用[^]定義自定義字符集 30邊界：^開(kāi)頭和$結(jié)尾 31使量詞更加精密 32另一個(gè)量詞：*為零次或多次 32用?修改貪婪程度 33用{}符號(hào)控制匹配的數(shù)量 33把所有都放在一起 34生成替換關(guān)鍵詞 35構(gòu)建可靠的搜索 36總結(jié) 37進(jìn)一步學(xué)習(xí) 38第二部分Shell命令第4章 命令行操作：shell 41初次接觸：不要懼怕命令行 41開(kāi)始了解shell然后產(chǎn)生興趣 42開(kāi)始了解shell 42文件系統(tǒng)的命令行視圖 43路徑 44利用shell在計(jì)算機(jī)里遨游 45用ls列出文件，用pwd 找出你在哪里 45如何用cd來(lái)回移動(dòng)位置 47用～表示主目錄 48用mkdir和rmdir來(lái)添加和移除文件夾 49復(fù)制文件 49移動(dòng)文件 51命令行快捷鍵 51向上箭頭鍵 51Tab 52用命令行參數(shù)來(lái)修正命令的行為 53用less命令瀏覽文件內(nèi)容 54在命令行中使用man命令查看幫助文件 55命令行*終會(huì)使你的操作更容易 55路徑描述中的通配符 55復(fù)制和移動(dòng)多個(gè)文件 56結(jié)束你的終端會(huì)話 57總結(jié) 57**閱讀 58第5章 在shell中處理文本 59用nano在命令行里編輯文本文件 59控制shell里的數(shù)據(jù)流 61用>重定向輸出到一個(gè)文件 61用cat來(lái)顯示和連接文件 62用grep在命令行中使用正則表達(dá)式 64處理一個(gè)大數(shù)據(jù)集 64從文件中抽提特定的行 64用管道|將輸出從一個(gè)程序重定向到另一個(gè)程序 66用grep跨越搜索多個(gè)文件 67改善grep的行為 68用curl 獲取Web 上的內(nèi)容 69其他shell命令 71總結(jié) 72第6章 使用shell 編寫腳本 73組合命令 73搜索路徑 73命令行如何找到它應(yīng)執(zhí)行的命令 73創(chuàng)建你的工作區(qū)—腳本文件夾 75編輯你的bash_profile文件來(lái)進(jìn)行個(gè)性化設(shè)置 76檢查你的新$PATH 77把文本文檔型文件轉(zhuǎn)變?yōu)檐浖?78#!控制腳本文本用何種程序解釋 79通過(guò)調(diào)整權(quán)限使文本文件可以被執(zhí)行 79生成自動(dòng)腳本 81批量復(fù)制文件 81靈活的文件重命名 84運(yùn)用curl自動(dòng)檢索參考文獻(xiàn) 86用curl編寫腳本的幾個(gè)常用方法 88用Alias創(chuàng)建快捷別名 88總結(jié) 89進(jìn)一步學(xué)習(xí) 89第三部分 編 程第7章 編程組件 93程序是什么？ 93接下來(lái)幾章的目標(biāo) 93實(shí)際編程 94變量 95變量的剖析 95基本變量類型 96能夠容納其他變量的變量 97數(shù)組和列表 97不同類型之間的轉(zhuǎn)換 99運(yùn)行中的變量 99數(shù)學(xué)運(yùn)算符 99比較運(yùn)算符與邏輯運(yùn)算符 100函數(shù) 101流控制 102用if語(yǔ)句做決策 102由for與while構(gòu)成的循環(huán) 103使用列表和字典 104列表 104字典 105其他數(shù)據(jù)類型 105輸入和輸出 106用戶交互 106文件 106庫(kù)和模塊 107注釋語(yǔ)句 108對(duì)象 108總結(jié) 109第8章 開(kāi)始使用Python編程 110為什么選擇Python110編寫程序 111開(kāi)始運(yùn)行程序 111構(gòu)建dnacalcpy 程序 112簡(jiǎn)單的print 語(yǔ)句 112len()函數(shù) 114使用str()、int()和float()轉(zhuǎn)換變量類型 115內(nèi)置字符串函數(shù)count() 116整數(shù)和浮點(diǎn)數(shù)的數(shù)學(xué)運(yùn)算 116使用#添加評(píng)論 118使用%運(yùn)算符控制字符串格式 118獲取用戶輸入 120使用raw_input()收集用戶輸入 120用replace()和upper()整理變量 121回顧你的程序 123總結(jié) 123第9章 決策與循環(huán) 124Python交互式提示符 124獲取Python的幫助 126向dnacalcpy里添加更多的計(jì)算內(nèi)容 127if條件語(yǔ)句 127使用縮進(jìn)指定代碼塊 128邏輯運(yùn)算符 128if語(yǔ)句 129else:語(yǔ)句 130for循環(huán)介紹 132列表簡(jiǎn)介 132在proteincalcpy中寫入for 循環(huán) 133創(chuàng)建字典 133其他字典函數(shù) 139應(yīng)用你學(xué)會(huì)的循環(huán)技能 140回顧列表 140列表的索引 141從列表中解包多個(gè)值 143用range()函數(shù)定義一個(gè)列表 143列表和字符串的比較 145列表和字符串之間轉(zhuǎn)換 146向列表中添加元素 147從列表中刪除元素 148查找列表的內(nèi)容 148給列表排序 148識(shí)別列表及字符串中*有的元素 149列表推導(dǎo)式 150總結(jié) 152進(jìn)一步學(xué)習(xí) 153第10章 讀取與寫入文件 154目標(biāo)概述 154從文件中逐條讀取每一行內(nèi)容 156讀取數(shù)據(jù)文件之前的注意事項(xiàng) 156打開(kāi)并讀取文本文件 157用strip()刪除行尾字符 159跳過(guò)標(biāo)題行 159從行中解析數(shù)據(jù) 160將行拆分為數(shù)據(jù)字段 160從列表中選擇元素 161寫入文件 162扼要重述文件的基本讀寫過(guò)程 164使用正則表達(dá)式解析值 165導(dǎo)入re模塊 165通過(guò)re模塊使用正則表達(dá)式 165research()與resub()的使用總結(jié) 167使用def創(chuàng)建自定義Python函數(shù) 168用新格式打包數(shù)據(jù) 173檢查標(biāo)記語(yǔ)言 173在轉(zhuǎn)換期間保留信息 174轉(zhuǎn)換為KML格式 174KML文件格式 174生成KML文本 175總結(jié) 179進(jìn)一步學(xué)習(xí) 179第11章 合并文件 180從多個(gè)文件中讀取數(shù)據(jù) 180使用sysargv 獲取用戶的輸入內(nèi)容 181將所有參數(shù)轉(zhuǎn)換為文件列表 183使用sysstderrwrite()提供反饋 184循環(huán)遍歷文件列表 185打印輸出并生成標(biāo)題行 187避免硬編碼軟件 187文件讀取的其他應(yīng)用 190總結(jié) 192進(jìn)一步學(xué)習(xí) 192第12章 模塊與庫(kù) 194導(dǎo)入模塊 194更多來(lái)自標(biāo)準(zhǔn)庫(kù)的內(nèi)置模塊 196urllib模塊 196os模塊 197math模塊 197random模塊 198time模塊 199第三方模塊 200NumPy 201BioPython202其他第三方模塊 203制作自己的模塊 204繼續(xù)深入學(xué)習(xí)Python 205總結(jié) 206進(jìn)一步學(xué)習(xí) 206第13章 調(diào)試策略 207在調(diào)試中學(xué)習(xí) 207通用策略 208建立工作元素 208思考你的假設(shè) 208具體的調(diào)試技術(shù) 209隔離問(wèn)題 209編寫冗長(zhǎng)的軟件 210錯(cuò)誤信息及其含義 211常見(jiàn)的Python錯(cuò)誤 211shell錯(cuò)誤 212讓你的程序更有效率 212優(yōu)化 212使用try和except來(lái)處理錯(cuò)誤 213當(dāng)你實(shí)在被困住時(shí) 214總結(jié) 215進(jìn)一步學(xué)習(xí) 215第四部分 多種方法合并第14章 選擇和組合工具 219你的工具箱 219數(shù)據(jù)處理任務(wù)的類別 219獲取數(shù)字?jǐn)?shù)據(jù) 219重新格式化文本文件 222綜合考慮 226總結(jié) 226進(jìn)一步學(xué)習(xí) 226第15章 關(guān)系型數(shù)據(jù)庫(kù) 227電子表格和數(shù)據(jù)組織 227數(shù)據(jù)管理系統(tǒng) 229剖析一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù) 230安裝MySQL 231開(kāi)始使用MySQL和SQL 233連接到命令行中的MySQL服務(wù)器 233創(chuàng)建數(shù)據(jù)庫(kù)和表 235向表中添加數(shù)據(jù)行和顯示表的內(nèi)容 239在Python中與MySQL進(jìn)行交互 240解析輸入的文本 241從數(shù)據(jù)中構(gòu)造SQL 243從Python中執(zhí)行SQL命令 244將文本文件導(dǎo)入到表格中 249創(chuàng)建ctd表 250用LOAD DATA命令導(dǎo)入數(shù)據(jù)文件 251以SQL文件的形式導(dǎo)出和導(dǎo)入數(shù)據(jù)庫(kù) 253用SQL探索數(shù)據(jù) 253用SELECT和COUNT命令匯總表 253用GROUP BY校對(duì)數(shù)據(jù) 255SQL中的數(shù)學(xué)運(yùn)算 256用WHERE對(duì)行進(jìn)行精確選擇 256用UPDATE修改行 259跨表選擇數(shù)據(jù) 260使用Python生成輸出 262繼續(xù)向前看 264數(shù)據(jù)庫(kù)用戶和安全性 264創(chuàng)建一個(gè)root密碼 265添加一個(gè)新的MySQL用戶 265總結(jié) 266進(jìn)一步學(xué)習(xí) 267**閱讀 267第16章 高級(jí)的shell和管道命令 268其他有用的shell 命令 268用head和tail提取行 268用cut提取列 268用sort對(duì)行排序 270用uniq分離出*有的行 271高級(jí)shell函數(shù)的整
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