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表觀遺傳學(xué)技術(shù)前沿

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出版社:科學(xué)出版社出版時間:2022-03-01
開本: 其他 頁數(shù): 268
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表觀遺傳學(xué)技術(shù)前沿 版權(quán)信息

  • ISBN:9787030514950
  • 條形碼:9787030514950 ; 978-7-03-051495-0
  • 裝幀:一般膠版紙
  • 冊數(shù):暫無
  • 重量:暫無
  • 所屬分類:>

表觀遺傳學(xué)技術(shù)前沿 內(nèi)容簡介

生命是一個復(fù)雜的過程,"DNA-RNA-蛋白質(zhì)"這一中心法則不能解釋所有生命現(xiàn)象。表觀遺傳學(xué)是在這些例外的基礎(chǔ)之上發(fā)展而成的,是基于非基因序列改變所致基因表達(dá)水平變化,如DNA甲基化和染色質(zhì)重塑等。表觀遺傳學(xué)已經(jīng)部分顛覆了我們對生物結(jié)構(gòu)和行為方式的理解。本書共分為七篇,主要內(nèi)容涵蓋DNA甲基化、組蛋自修飾、miRNA調(diào)控研究前沿和實驗技術(shù)。在闡述表觀遺傳學(xué)的基本知識的基礎(chǔ)上,結(jié)合本領(lǐng)域國內(nèi)外近期新科研成果。

表觀遺傳學(xué)技術(shù)前沿 目錄

目錄
**篇表觀遺傳學(xué)概述及分析方法
**章表觀遺傳學(xué)概述1
第二章DNA甲基化分析方法8
第三章組蛋白修飾分析方法15
第四章非編碼RNA相關(guān)分析方法19
第二篇基因表達(dá)檢測
第五章基因表達(dá)檢測概述26
第六章基因表達(dá)檢測方法27
**節(jié)RT-PCR技術(shù)27
第二節(jié)熒光定量PCR技術(shù)29
第三節(jié)原位雜交技術(shù)35
第四節(jié)定點突變技術(shù)41
第五節(jié)基因芯片43
第六節(jié)啟動子區(qū)活性分析50
第三篇miRNA檢測技術(shù)
第七章miRNA概述52
第八章miRNA檢測技術(shù)概述56
**節(jié)生物信息學(xué)56
第二節(jié)miRNA芯片技術(shù)59
第三節(jié)熒光定量PCR技術(shù)檢測miRNA62
第四節(jié)熒光素酶活性檢測技術(shù)68
第九章miRNA分析的應(yīng)用70
第四篇蛋白質(zhì)檢測技術(shù)
第十章蛋白檢測概述82
第十一章蛋白檢測技術(shù)概要87
**節(jié)蛋白芯片技術(shù)87
第二節(jié)蛋白印跡技術(shù)91
第三節(jié)免疫熒光技術(shù)95
第四節(jié)免疫組化技術(shù)100
第五節(jié)ELISA技術(shù)103
第六節(jié)激光共聚焦技術(shù)115
第五篇DNA甲基化與組蛋白修飾檢測
第十二章DNA甲基化與組蛋白修飾概述119
第十三章DNA甲基化與組蛋白修飾方法概述136
**節(jié)生物信息學(xué)分析136
第二節(jié)DNA甲基化檢測——MSP法138
第三節(jié)DNA甲基化檢測——焦磷酸測序法141
第四節(jié)DNA甲基化檢測——DNA甲基化芯片技術(shù)145
第五節(jié)DNA甲基化檢測——質(zhì)譜技術(shù)147
第六節(jié)組蛋白甲基化檢測150
第七節(jié)組蛋白乙酰化檢測155
第八節(jié)組蛋白糖基化檢測158
第九節(jié)組蛋白泛素化檢測162
第十節(jié)組蛋白甲基化和組蛋白乙酰化位點特異性分析163
第六篇基因與蛋白相互作用檢測
第十四章基因與蛋白相互作用檢測概述166
第十五章基因與蛋白相互作用檢測方法概述167
**節(jié)生物信息學(xué)時代167
第二節(jié)ChIP技術(shù)172
第三節(jié)DNaseⅠ足跡實驗180
第四節(jié)甲基化干擾試驗181
第五節(jié)電泳遷移率變動實驗182
第六節(jié)Southern印跡雜交185
第七節(jié)表面等離子共振189
第八節(jié)酵母單雜交系統(tǒng)194
第九節(jié)噬菌體展示技術(shù)198
第十節(jié)核酸適體技術(shù)207
第十一節(jié)拉下實驗219
第七篇蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)相互作用
第十六章蛋白與蛋白相互作用概述221
第十七章蛋白與蛋白相互作用檢測方法概述229
**節(jié)生物信息學(xué)軟件預(yù)測237
第二節(jié)染色質(zhì)免疫共沉淀242
第三節(jié)印跡疊加或Far-Western印跡245
第四節(jié)GST融合蛋白純化技術(shù)245
第五節(jié)羥基蛋白質(zhì)足跡法249
第六節(jié)細(xì)菌雙雜交系統(tǒng)252
第七節(jié)酵母雙雜交技術(shù)255
第十八章蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)相互作用應(yīng)用259
參考文獻(xiàn)260
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表觀遺傳學(xué)技術(shù)前沿 節(jié)選

**篇 表觀遺傳學(xué)概述及分析方法 **章 表觀遺傳學(xué)概述 表觀遺傳調(diào)控是當(dāng)前分子遺傳學(xué)研究的熱點之一,同時也是基因表達(dá)調(diào)控的重要組成部分。目前其研究重點主要集中在組蛋白共價修飾、DNA甲基化、基因組印記、染色質(zhì)重塑和非編碼RNA等方面。目前,針對表觀遺傳修飾的研究方法取得了突飛猛進(jìn)的進(jìn)展,其表現(xiàn)在兩方面:一方面,方法的特異性和靈敏度都在不斷得到提高;另一方面,檢測表觀修飾的分析方法正在逐步從個別位點向高通量檢測的方向發(fā)展,同時由定性檢測向定量分析的方向發(fā)展。除此之外,隨著研究的發(fā)現(xiàn),新一代測序技術(shù)的應(yīng)用將大大推動表觀遺傳研究的發(fā)展,這些技術(shù)包括單分子納米孔測序法、單分子實時測序法等。近年來,隨著不斷深入研究,研究人員開發(fā)出各種研究方法以滿足不同類型研究的需要。本篇目的在于主要介紹目前已有的表觀基因組學(xué)研究方法并對其進(jìn)行簡要總結(jié)和分析。 一、表觀遺傳學(xué)發(fā)展歷史 早在2000多年前古希臘哲學(xué)家亞里士多德在On the Generation of Animals一書中首先提出后生理論(the theory of epigenesis),它主要相對于先成論,其內(nèi)容是描述新器官的發(fā)育由未分化的團(tuán)塊逐漸形成的。生物學(xué)家Waddington CH于1939年首先在《現(xiàn)代遺傳學(xué)導(dǎo)論》中提出了“epigenetics”這一術(shù)語,并于1942年將表觀遺傳學(xué)劃為生物學(xué)的一大分支,其是研究基因與決定表型的基因產(chǎn)物之間的因果關(guān)系。 科學(xué)家Hollidy R于1975年較為準(zhǔn)確地描述了表觀遺傳學(xué)的基本信息。他認(rèn)為表觀遺傳學(xué)不僅存在于發(fā)育過程中,而且可以在成體階段研究可遺傳的基因表達(dá)改變,這些信息能經(jīng)過減數(shù)分裂和有絲分裂在個體和細(xì)胞間世代傳遞,而不借助于DNA序列的改變,簡而言之,表觀遺傳是非DNA序列差異的核遺傳。 二、表觀遺傳學(xué)概念 所謂表觀遺傳學(xué)是指研究的生物通過調(diào)控基因表達(dá),同時卻不改變基因序列所導(dǎo)致的遺傳現(xiàn)象的理論。表觀遺傳學(xué)研究的重點是基因表達(dá)的調(diào)控機(jī)制方式,包括組蛋白共價修飾、DNA甲基化、基因組印記、染色質(zhì)重塑和非編碼RNA等調(diào)控方式。該理論*早是在1939年由英國學(xué)者Waddington CH在其著作《現(xiàn)代遺傳學(xué)導(dǎo)論》中提出并形成的初步理論。表觀遺傳學(xué)是對經(jīng)典遺傳學(xué)的補充與進(jìn)一步的發(fā)展,涉及何時、何地以何種方式去應(yīng)用遺傳學(xué)信息。我們認(rèn)識的基因組包括兩類遺傳信息:即表觀遺傳學(xué)信息及DNA序列遺傳信息。細(xì)胞及人體正常功能的維持均為這兩種信息互相影響、保持動態(tài)平衡的結(jié)果,如果這兩種因素的任何一種出現(xiàn)表達(dá)失衡,都有可能導(dǎo)致人體疾病的發(fā)生。因此,表觀遺傳學(xué)研究是生命科學(xué)中一個普遍而又至關(guān)重要、不可忽視的新的研究領(lǐng)域,其不僅在基因的表達(dá)、遺傳、調(diào)控方面發(fā)揮重要作用,而且在生命發(fā)育、免疫、炎癥、血管新生、衰老及再生醫(yī)學(xué)、腫瘤發(fā)生、變異性疾病的發(fā)生與防治中起著極其重要的作用(表1-1-1)。綜上所述,研究表觀遺傳學(xué)的重要性不亞于20世紀(jì)50年代沃森和克里克發(fā)現(xiàn)DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)所引發(fā)的關(guān)于染色體上基因的研究。 表1-1-1 遺傳學(xué)與表觀遺傳學(xué)的比較 三、表觀遺傳學(xué)的主要調(diào)節(jié)機(jī)制 表觀遺傳學(xué)的主要調(diào)節(jié)機(jī)制方式包括DNA甲基化、組蛋白甲基化與乙酰化及非編碼RNA等三種方式。然而研究發(fā)現(xiàn),機(jī)體生活的環(huán)境與這些調(diào)節(jié)機(jī)制的改變密切相關(guān),每個生物個體都有特定的屬于自己的基因組與表觀基因組,表觀基因組是指在不改變DNA序列的情況下抑制或激活基因的表達(dá),而這種由表觀基因組所調(diào)控的基因表達(dá)往往又受多種環(huán)境因素的影響。換句話說,機(jī)體日常呼吸的空氣、飲用的水、食用的食物、所處的環(huán)境當(dāng)中所潛在因素的影響均可對基因表達(dá)的關(guān)閉或開啟產(chǎn)生巨大的影響和作用。因此,我們可以知道表觀遺傳學(xué)更加強(qiáng)調(diào)生活的環(huán)境對人體表觀遺傳因素的影響。 四、表觀遺傳學(xué)對基因的表達(dá)調(diào)控 (一)基因選擇性表達(dá)的調(diào)控 基因選擇性表達(dá)的調(diào)控包括DNA的甲基化、組蛋白的共價修飾、染色質(zhì)重塑、X染色體失活和基因印記等。 1. DNA甲基化(DNA methylation) 是指在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNA methyltransferases,DNMTs)的作用下將甲基添加在DNA分子中的堿基上,這是一種極為常見且重要的表觀遺傳現(xiàn)象。我們常見的DNA甲基化通常發(fā)生在甲基位上,同時也可以與DNA鏈上的胞嘧啶(C)第5位碳原子間的共價結(jié)合形成5-甲基胞嘧啶(5mC)(圖1-1-1)。除此以外,在腺嘌呤(A)N6位置可以引入一個甲基形成N6-甲基腺嘌呤(N6-mA),甲基化也可發(fā)生在此位點。研究證實,DNA甲基化在真核生物中主要發(fā)生在CpG二聯(lián)核苷酸上,也常在植物基因組CNN和CNG序列上發(fā)現(xiàn),在生物體基因序列的某些區(qū)域,CpG序列達(dá)到很高的密度,可達(dá)均值的5倍以上,成為含有C和G的富集區(qū),我們稱之為DNA序列海洋中的CpG島(CpG islands)。DNA甲基化作為表觀遺傳學(xué)*重要的調(diào)控現(xiàn)象之一,對基因的表達(dá)發(fā)揮著重要的調(diào)控功能,涉及轉(zhuǎn)座子擴(kuò)散防御、異染色質(zhì)形成、源基因表達(dá)調(diào)控、基因印跡、細(xì)胞分化和轉(zhuǎn)基因沉默等,對生物的生命活動、新陳代謝有著重要的作用。 2. 組蛋白共價修飾(histone modification) 方式包括:乙酰化(acetylation)、甲基化(methylation)、核糖化(ribosylation)、磷酸化(phosphorylation)、類泛素化(sumoylation)和泛素化(ubiquitylation)等(圖1-1-2)。這些修飾共同構(gòu)成了可以通過特殊解碼蛋白解讀的組蛋白密碼,并在解碼過程中發(fā)揮作用,從而影響基因表達(dá)。在這么多的組蛋白的修飾方式中乙酰化和甲基化主要發(fā)生在組蛋白賴氨酸(-lys)殘基上,研究發(fā)現(xiàn)乙酰化與轉(zhuǎn)錄激活有相關(guān)性;隨之發(fā)現(xiàn)的組蛋白的甲基化既可能與轉(zhuǎn)錄抑制相關(guān),也可能與轉(zhuǎn)錄激活相關(guān),抑制或激活取決于所添加的甲基基團(tuán)數(shù)目以及存在的甲基化lys位點,其中每個lys殘基可以形成單甲基化、二甲基化、三甲基化三種形式(加上1~3個甲基基團(tuán))中的任意一種,每種形式都發(fā)揮其固有的、獨特的功能。組蛋白的磷酸化是另外一種極其重要的調(diào)控方式,在DNA修復(fù)、基因轉(zhuǎn)錄、染色質(zhì)凝聚及細(xì)胞凋亡等過程中發(fā)揮著重要作用。核糖化是指組蛋白H1、H2A、H2B及H3和多聚ADP-核糖的共價結(jié)合,研究者發(fā)現(xiàn)ADP-核糖基化是啟動真核細(xì)胞內(nèi)復(fù)制過程的扳機(jī);而泛素化是指將被降解的蛋白質(zhì)連接上泛素標(biāo)記,事實證明一些可以誘導(dǎo)基因啟動子區(qū)域的H2B組蛋白會被修飾以啟動基因表達(dá);類泛素蛋白(small ubiquitin-like modifiers,SUMO)對蛋白質(zhì)的翻譯后修飾與蛋白質(zhì)的細(xì)胞內(nèi)定位、轉(zhuǎn)錄活性和穩(wěn)定性均有關(guān),相關(guān)研究表明,其也可能參與異染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的調(diào)節(jié)。近些年來,人們逐漸認(rèn)識到表觀遺傳在基因表達(dá)調(diào)控方面的重要作用,并研究出一系列檢測表觀遺傳修飾的方法,尤其是針對DNA甲基化和組蛋白修飾檢測方法這方面取得了較大進(jìn)展,到目前為止,檢測方法的特異性和靈敏度都在不斷得到提高;同時,表觀修飾的檢測正在逐步從個別位點向高通量檢測的方向發(fā)展,逐步從定性檢測向定量分析轉(zhuǎn)向發(fā)展。 3. 染色質(zhì)重塑 是指染色質(zhì)結(jié)構(gòu)和位置發(fā)生了變化,其主要涉及核小體在能量驅(qū)動下的重新排列或置換,結(jié)果便是它改變了基因啟動子區(qū)內(nèi)核小體的排列方式,增加了啟動子和基因轉(zhuǎn)錄裝置的可接近結(jié)合性。 真核生物遺傳學(xué)過程的物質(zhì)基礎(chǔ)均是染色質(zhì),染色質(zhì)構(gòu)型整體和局部的動態(tài)改變是基因功能調(diào)控的相關(guān)因素。研究表明,組蛋白N端尾巴修飾和染色質(zhì)重塑的發(fā)生密切相關(guān),尤其是對組蛋白H3和H4的修飾調(diào)節(jié)。組蛋白的修飾可以直接影響核小體的結(jié)構(gòu),同時也為其他蛋白提供了DNA作用的結(jié)合位點。目前,染色質(zhì)重塑主要包括兩種類型:一類是依賴ATP的物理修飾,即利用ATP水解后釋放的能量將DNA和組蛋白的結(jié)合分開,使轉(zhuǎn)錄能夠順利進(jìn)行下去;另一類是含有組蛋白脫乙酰酶和乙酰轉(zhuǎn)移酶的化學(xué)修飾類型,即依靠水解ATP來提供所需的能量,使得染色質(zhì)重塑復(fù)合物可完成染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的改變,根據(jù)水解ATP的亞基不同,可將復(fù)合物分為ISW復(fù)合物、SWI/SNF復(fù)合物及其他類型的復(fù)合物。研究證實,這些復(fù)合物及相關(guān)的蛋白均與轉(zhuǎn)錄的抑制和激活、細(xì)胞周期、DNA修復(fù)及DNA的甲基化呈一定的相關(guān)性。 4. 基因印記 又稱遺傳印記,是指基因的表達(dá)與否取決于它們是在母源染色體上,還是在父源染色體上以及母源染色體或父源染色體上的基因是否發(fā)生沉默,繼而是如何表達(dá)出來。基因印記是通過生化途徑,在某個基因或基因組域上標(biāo)記其雙親來源信息的生物學(xué)過程。研究表明,有些印記基因只從父源染色體上表達(dá),相應(yīng)地有些則只從母源染色體上表達(dá)。基因組印記可以是非共價標(biāo)記(如核基因組定位,DNA-蛋白質(zhì)相互作用及DNA-RNA相互作用),也可以是共價標(biāo)記(DNA甲基化)上的,印記的方法包括維持整個細(xì)胞周期中雙親表觀記號的、特化的、核內(nèi)酶的作用方法。研究者發(fā)現(xiàn)在胚胎中,來自不同親本的IGF2甲基化狀態(tài)不同,但成年后形成配子時,甲基化狀態(tài)就會發(fā)生重設(shè),形成新的狀態(tài)。研究發(fā)現(xiàn),基因組印記是一種正常的過程,這種現(xiàn)象在一些植物和低等動物中已被發(fā)現(xiàn)多年。通常,印記的基因只占人類基因組中的少數(shù),可能不超過5%,但印記基因在胎兒的行為和生長發(fā)育中起著至關(guān)重要的作用,一旦不表達(dá)其作用大大受到抑制。大量研究發(fā)現(xiàn),基因組印記病主要表現(xiàn)為生長遲緩、過度生長、行為異常、智力障礙等行為特征。目前,在腫瘤的研究中認(rèn)為印記缺失是引起腫瘤*常見的遺傳學(xué)因素之一,受到廣大實驗者的重視。 (二)基因轉(zhuǎn)錄后的調(diào)控 基因轉(zhuǎn)錄后的調(diào)控物質(zhì)包括微小RNA(microRNA,miRNA)和小干擾RNA(small interfering RNA,siRNA),兩者均為翻譯后進(jìn)行修飾剪切形成的產(chǎn)物。 miRNA和siRNA均為非編碼的RNA。它們是兩種序列特異性轉(zhuǎn)錄后基因表達(dá)的調(diào)節(jié)因子。miRNA的長短與siRNA相似,均為22bp左右,多數(shù)miRNA具有高度的保守性、基因表達(dá)組織特異性和時序性三大特點。miRNA的研究已成為當(dāng)前生物醫(yī)學(xué)研究的前沿?zé)狳c之一,尤其是miRNA與腫瘤的關(guān)聯(lián)日漸成為人們關(guān)注的重點方向,針對miRNA與腫瘤的治療產(chǎn)生了特異性的靶點。如果某一miRNA特異性表達(dá)于某一腫瘤,那么該miRNA就可用于腫瘤的早期預(yù)測,也可特異性導(dǎo)入某一miRNA或特異性敲除某一miRNA來用于腫瘤的治療,這些目前均已開始應(yīng)用到臨床,如圖1-1-3所示為miRNA的研究思路。除此之外,DNA甲基化、組蛋白乙酰化等方面也與miRNA之間存在相互影響,因而這些構(gòu)成了細(xì)胞基因調(diào)控系統(tǒng)*為復(fù)雜的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。自從科學(xué)家沃森和克里克對DNA結(jié)構(gòu)進(jìn)行了完美的闡釋后,從某種疾病發(fā)病機(jī)制的研究到疾病治療方案或方法的確定,使生命科學(xué)從此踏入了基因時代,引來了時代的新潮。隨之人類基因組計劃(human genome project,HGP)成果的公布,把全世界幾十年的目光都聚焦在以中心法則為核心的染色體基因組學(xué)上。直到表觀遺傳的提出,這無疑是為基因組學(xué)的研究開拓了一個新的領(lǐng)域。目前,表觀遺傳學(xué)已成為*新、*炙手可熱的研究熱點。研究人員發(fā)現(xiàn),表觀遺傳學(xué)可以從更微觀的視角、從更深的層次來解釋許多目前基因組學(xué)無法解釋的難題,攻克更多的問題,如同卵雙生的兄弟日后為何會產(chǎn)生如此大的差異,環(huán)境因素究竟如何影響性狀等方面。盡管迄今為止對表觀遺傳的研究仍然十分短暫,但人類已經(jīng)取得了一定的成就。 圖1-1-3 miRNA的研究思路 五、表觀遺傳學(xué)研究的應(yīng)用進(jìn)展 先前的研究發(fā)現(xiàn)多種疾病與表觀遺傳調(diào)控及表觀特征的變化息息相關(guān),這些疾病的遺傳特點不能夠用精確的遺傳方式來解釋,同時隨著年齡的增長,相關(guān)疾病會出現(xiàn)由于表觀遺傳變化的持續(xù)傳遞,隨之出現(xiàn)長期積累而患病率增高的現(xiàn)象,這些會嚴(yán)重影響人們的生活質(zhì)量及水平。由于表觀遺傳具有可逆性這

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