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生物信息學(xué)中的序列組裝方法 版權(quán)信息
- ISBN：9787564653743
- 條形碼：9787564653743 ; 978-7-5646-5374-3
- 裝幀：暫無
- 冊數(shù)：暫無
- 重量：暫無
- 所屬分類：>
生物信息學(xué)中的序列組裝方法 內(nèi)容簡介
本書主要包括十章。第1章主要介紹了序列組裝的意義、難點、步驟和評價，這些涉及序列組裝的基礎(chǔ)知識，是本書后續(xù)內(nèi)容的基礎(chǔ)。第2章介紹了一種基于insert size分布和雙端讀數(shù)的序列組裝方法，該方法能夠有效的獲取更準確的組裝結(jié)果。第3章介紹了一種內(nèi)存低耗的序列組裝方法，該方法能夠在較小的內(nèi)存空間上完成整個序列組裝過程。第4章介紹了一種基于雙端讀數(shù)統(tǒng)計特征的scaffolding方法，該方法和同類方法相比能夠取得更好的結(jié)果。第5章介紹了一種基于長讀數(shù)和contig分類的scaffolding方法，該方法利用長讀數(shù)和contig之間的比對結(jié)果，把contig分成兩類，然后分別進行處理。第6章介紹了一種gap填充評價方法，該方法提出了專門針對gap填充工具的評價指標。第7章介紹了一種基于讀數(shù)分割策略的gap填充方法，該方法對每個gap區(qū)域，確定兩個讀數(shù)集合，并利用De Bruijn圖填充gap區(qū)域。第8章介紹了一種基于k-mer分布特征的長讀數(shù)重疊區(qū)檢測方法，該方法利用兩條長讀數(shù)之間的共有k-mers，確定其重疊區(qū)域。第9章介紹了一種基于Hi-C交互矩陣的contig糾錯方法，該方法能夠?qū)ψR別contig中的一些組裝錯誤，并有利用后續(xù)的scaffolding。第10章介紹了一種基于Hi-C讀數(shù)的scaffolding方法，該方法利用Hi-C比對數(shù)據(jù)。
生物信息學(xué)中的序列組裝方法 目錄
1 緒論
1.1 序列組裝意義
1.2 序列組裝難點
1.3 序列組裝步驟
1.4 序列組裝評價方法
2 基于insert size和讀數(shù)分布的序列組裝方法
2.1 概述
2.2 基于insert size和讀數(shù)分布的序列組裝方法
2.3 實驗數(shù)據(jù)
2.4 打分函數(shù)有效性分析
2.5 實驗結(jié)果
2.6 本章小結(jié)
3 內(nèi)存低耗的序列組裝方法
3.1 組裝內(nèi)存效率
3.2 EPGA2方法步驟
3.3 實驗結(jié)果
3.4 本章小結(jié)
4 基于雙端讀數(shù)統(tǒng)計特征的scaffolding方法
4.1 scaffolding難點
4.2 基于雙端讀數(shù)統(tǒng)計特征的seaffolding方法
4.3 實驗分析
4.4 本章小結(jié)
5 基于長讀數(shù)和contig分類的seaffolding方法
5.1 引言
5.2 基于長讀數(shù)和conting分類的scaffolding方法
5.3 實驗結(jié)果
5.4 本章小結(jié)
6 一種gap填充結(jié)果評價方法
6.1 概述
6.2 比對信息預(yù)處理
6.3 gap填充區(qū)域序列抽取
6.4 gap參考序列抽取
6.5 gap參考序列和填充gap區(qū)域序列比對
6.6 實驗與分析
6.7 本章小結(jié)
7 基于讀數(shù)集合分割策略的gap填充方法
7.1 引言
7.2 基于讀數(shù)集合分割策略的gap填充方法
7.3 實驗及結(jié)果
7.4 本章小結(jié)
8 基于k-mer特征分布的重疊檢測算法
8.1 前言
8.2 k-mer分布特征
8.3 基于k-mer分布特征的長讀數(shù)重疊區(qū)檢測方法
8.4 實驗及結(jié)果
8.5 本章小結(jié)
9 基于Hi-C交互矩陣的contig糾錯方法
9.1 引言
9.2 糾錯方法步驟
9.3 實驗與結(jié)果
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