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分子數(shù)據(jù)在物種系統(tǒng)發(fā)育中的應(yīng)用 版權(quán)信息
- ISBN：9787109320017
- 條形碼：9787109320017 ; 978-7-109-32001-7
- 裝幀：平裝-膠訂
- 冊(cè)數(shù)：暫無
- 重量：暫無
- 所屬分類：>
分子數(shù)據(jù)在物種系統(tǒng)發(fā)育中的應(yīng)用 內(nèi)容簡(jiǎn)介
本書以西藏高原3種裂腹魚及部分鯉科魚類的線粒體全基因組數(shù)據(jù)為例，全面介紹了如何構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹并應(yīng)用PAML程序?qū)L樹上所有分支進(jìn)行適應(yīng)性進(jìn)化分析，在此基礎(chǔ)上進(jìn)一步介紹構(gòu)建cDNA SMART文庫的方法，以及如何應(yīng)用生物信息學(xué)的方法分析EST片段。
分子數(shù)據(jù)在物種系統(tǒng)發(fā)育中的應(yīng)用 目錄
前言
**章 緒論
**節(jié) 生物分子數(shù)據(jù)庫
一、核酸數(shù)據(jù)庫
二、蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫
三、生物大分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫
第二節(jié) 線粒體基因組研究
一、動(dòng)物線粒體基因組的基本特征
二、線粒體基因組的分析方法
三、線粒體基因組的進(jìn)化特征
四、DNA條形碼的應(yīng)用
第三節(jié) 分子系統(tǒng)發(fā)育分析
一、分子序列數(shù)據(jù)的特點(diǎn)
二、重建系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系
三、分子系統(tǒng)發(fā)育分析的常用軟件
第四節(jié) 適應(yīng)性進(jìn)化分析
一、分子進(jìn)化的中性學(xué)說
二、適應(yīng)性進(jìn)化檢測(cè)的原理和方法
三、基于密碼子水平分析線粒體基因組的選擇壓力
四、適應(yīng)性進(jìn)化檢測(cè)的常用軟件——CODEML
第五節(jié) cDNA文庫的構(gòu)建及EST技術(shù)的應(yīng)用
一、SMART cDNA文庫
二、EST技術(shù)的應(yīng)用
三、電子克隆技術(shù)及其應(yīng)用
第六節(jié) 裂腹魚類的研究概述
一、裂腹魚類的起源、分布、形態(tài)和分類
二、裂腹魚類的演化與青藏高原環(huán)境變化的關(guān)系
三、裂腹魚類線粒體基因的研究現(xiàn)狀
第二章 拉薩裸裂尻魚、異齒裂腹魚和拉薩裂腹魚線粒體全基因組的測(cè)定
**節(jié) 材料與方法
一、樣品采集
二、實(shí)驗(yàn)儀器與試劑
三、實(shí)驗(yàn)方法
第二節(jié) 結(jié)果與分析
一、線粒體全基因組的結(jié)構(gòu)特征
二、蛋白質(zhì)編碼基因
三、tRNA基因
四、rRNA基因
五、D-Loop區(qū)
六、密碼子使用分析
七、與其它鯉科魚類線粒體全基因組的比較
第三節(jié) 討論
第四節(jié) 小結(jié)
第三章 用線粒體基因組和RAG2探討鯉科的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系并估算分歧時(shí)間
**節(jié) 材料與方法
一、外類群的選擇
二、數(shù)據(jù)來源
三、數(shù)據(jù)分析
四、系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建
五、分歧時(shí)間估算
第二節(jié) 結(jié)果與分析
一、序列分析
二、系統(tǒng)發(fā)育分析
三、分歧時(shí)間估算
第三節(jié) 討論
一、序列變異及其系統(tǒng)發(fā)育意義
二、不同構(gòu)樹方法的比較
三、亞科間的進(jìn)化分析
四、裂腹魚亞科的分支發(fā)生事件
第四節(jié) 小結(jié)
第四章 用線粒體全基因組探討裂腹魚類的適應(yīng)性進(jìn)化
**節(jié) 材料與方法
一、數(shù)據(jù)來源
二、dN/dS分析
三、正選擇位點(diǎn)檢測(cè)
第二節(jié) 結(jié)果與分析
一、鯉科rRNAs & PCGs聯(lián)合基因的適應(yīng)性進(jìn)化檢測(cè)
二、裂腹魚亞科CYTB基因的適應(yīng)性進(jìn)化檢測(cè)
第三節(jié) 討論
第四節(jié) 小結(jié)
第五章 拉薩裸裂尻魚肝臟cDNA文庫的構(gòu)建、EST測(cè)序及生物信息學(xué)分析
**節(jié) 材料與方法
一、實(shí)驗(yàn)材料
二、實(shí)驗(yàn)儀器與試劑
三、實(shí)驗(yàn)方法
第二節(jié) 結(jié)果與分析
一、總RNA的提取和mRNA分離
二、拉薩裸裂尻魚肝臟cDNA文庫的構(gòu)建和鑒定
三、EST測(cè)定及生物信息學(xué)分析
第三節(jié) 討論
一、拉薩裸裂尻魚肝臟cDNA文庫的構(gòu)建
二、EST序列的生物信息學(xué)分析
第四節(jié) 小結(jié)
第六章 總結(jié)與展望
一、本研究的主要結(jié)果
二、進(jìn)一步的研究方向
參考文獻(xiàn)
**章 緒論
**節(jié) 生物分子數(shù)據(jù)庫
一、核酸數(shù)據(jù)庫
二、蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫
三、生物大分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫
第二節(jié) 線粒體基因組研究
一、動(dòng)物線粒體基因組的基本特征
二、線粒體基因組的分析方法
三、線粒體基因組的進(jìn)化特征
四、DNA條形碼的應(yīng)用
第三節(jié) 分子系統(tǒng)發(fā)育分析
一、分子序列數(shù)據(jù)的特點(diǎn)
二、重建系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系
三、分子系統(tǒng)發(fā)育分析的常用軟件
第四節(jié) 適應(yīng)性進(jìn)化分析
一、分子進(jìn)化的中性學(xué)說
二、適應(yīng)性進(jìn)化檢測(cè)的原理和方法
三、基于密碼子水平分析線粒體基因組的選擇壓力
四、適應(yīng)性進(jìn)化檢測(cè)的常用軟件——CODEML
第五節(jié) cDNA文庫的構(gòu)建及EST技術(shù)的應(yīng)用
一、SMART cDNA文庫
二、EST技術(shù)的應(yīng)用
三、電子克隆技術(shù)及其應(yīng)用
第六節(jié) 裂腹魚類的研究概述
一、裂腹魚類的起源、分布、形態(tài)和分類
二、裂腹魚類的演化與青藏高原環(huán)境變化的關(guān)系
三、裂腹魚類線粒體基因的研究現(xiàn)狀
第二章 拉薩裸裂尻魚、異齒裂腹魚和拉薩裂腹魚線粒體全基因組的測(cè)定
**節(jié) 材料與方法
一、樣品采集
二、實(shí)驗(yàn)儀器與試劑
三、實(shí)驗(yàn)方法
第二節(jié) 結(jié)果與分析
一、線粒體全基因組的結(jié)構(gòu)特征
二、蛋白質(zhì)編碼基因
三、tRNA基因
四、rRNA基因
五、D-Loop區(qū)
六、密碼子使用分析
七、與其它鯉科魚類線粒體全基因組的比較
第三節(jié) 討論
第四節(jié) 小結(jié)
第三章 用線粒體基因組和RAG2探討鯉科的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系并估算分歧時(shí)間
**節(jié) 材料與方法
一、外類群的選擇
二、數(shù)據(jù)來源
三、數(shù)據(jù)分析
四、系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建
五、分歧時(shí)間估算
第二節(jié) 結(jié)果與分析
一、序列分析
二、系統(tǒng)發(fā)育分析
三、分歧時(shí)間估算
第三節(jié) 討論
一、序列變異及其系統(tǒng)發(fā)育意義
二、不同構(gòu)樹方法的比較
三、亞科間的進(jìn)化分析
四、裂腹魚亞科的分支發(fā)生事件
第四節(jié) 小結(jié)
第四章 用線粒體全基因組探討裂腹魚類的適應(yīng)性進(jìn)化
**節(jié) 材料與方法
一、數(shù)據(jù)來源
二、dN/dS分析
三、正選擇位點(diǎn)檢測(cè)
第二節(jié) 結(jié)果與分析
一、鯉科rRNAs & PCGs聯(lián)合基因的適應(yīng)性進(jìn)化檢測(cè)
二、裂腹魚亞科CYTB基因的適應(yīng)性進(jìn)化檢測(cè)
第三節(jié) 討論
第四節(jié) 小結(jié)
第五章 拉薩裸裂尻魚肝臟cDNA文庫的構(gòu)建、EST測(cè)序及生物信息學(xué)分析
**節(jié) 材料與方法
一、實(shí)驗(yàn)材料
二、實(shí)驗(yàn)儀器與試劑
三、實(shí)驗(yàn)方法
第二節(jié) 結(jié)果與分析
一、總RNA的提取和mRNA分離
二、拉薩裸裂尻魚肝臟cDNA文庫的構(gòu)建和鑒定
三、EST測(cè)定及生物信息學(xué)分析
第三節(jié) 討論
一、拉薩裸裂尻魚肝臟cDNA文庫的構(gòu)建
二、EST序列的生物信息學(xué)分析
第四節(jié) 小結(jié)
第六章 總結(jié)與展望
一、本研究的主要結(jié)果
二、進(jìn)一步的研究方向
參考文獻(xiàn)
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