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基因組信息學實踐教程 版權信息
- ISBN：9787567238664
- 條形碼：9787567238664 ; 978-7-5672-3866-4
- 裝幀：一般膠版紙
- 冊數：暫無
- 重量：暫無
- 所屬分類：>
基因組信息學實踐教程 內容簡介
本書主要針對生物信息學專業或方向的本科階段學生，在基因組信息學教學過程中使用的實踐類教程。基因組信息學作為一門新興交叉學科，國內尚無相關實踐教程出版。本書主要圍繞基因組測序分析來開展，分成三個部分：基礎實踐、擴展實踐和綜合實踐；主要內容包括基因組測序模擬、序列組裝、全基因組的同源搜索、從頭預測和基因結構建模、基于轉錄組RNASeq數據的基因組注釋、啟動子等基因組序列特征的分析和預測、基因組數據的可視化，以及多種基因組序列分析軟件的對比和綜合運用；不僅涉及基因組信息學方面常用數據庫的查詢和使用，還有常用軟件的應用以及編程技能和數據統計方法的綜合運用。
基因組信息學實踐教程 目錄
緒論
**篇 基礎實踐
項目1 基因組測序模擬
項目2 序列組裝
項目3 基因組注釋之同源基因搜索
項目4 基因組注釋之從頭預測與基因結構建模
項目5 基因組注釋之DNA元件預測
項目6 基因組數據可視化
第二篇 擴展實踐
項目1 高通量測序平臺及模擬工具的對比
項目2 基因組序列組裝軟件的對比
項目3 RNA-Seq數據從頭組裝軟件的對比
項目4 從頭計算預測基因軟件的比較
項目5 基于轉錄組數據的新基因和轉錄變異體的發現
項目6 基因轉錄調控分析
項目7 基因組測序可視化工具的對比
第三篇 綜合實踐
項目1 基因組測序模擬的編程實現
項目2 同源基因搜索指導的基因結構預測
項目3 基于RNA-Seq數據的基因組注釋
項目4 基于多重數據源的基因結構特征訓練和應用
項目5 基因結構特征模型參數的編程實踐
項目6 多重證據聯合的基因結構建模
項目7 轉錄因子調控機制分析
其他綜合實踐設想
第四篇 常用軟件使用手冊
1．ART
2．Augustus
3．BamTools
4．BCFtools
5．bedtools
6．Bowtie2
7．FastQC
8．GFF格式處理工具
9．NCBI BLAST
10．NCBI SRA Toolkit
11．QUAST
12．Samtools
13．SOAPdenovo
14．Trimmomatic
15．Trinity
16．文件格式轉換工具
附錄
附錄1 基因組坐標體系
附錄2 常用數據格式
參考文獻
**篇 基礎實踐
項目1 基因組測序模擬
項目2 序列組裝
項目3 基因組注釋之同源基因搜索
項目4 基因組注釋之從頭預測與基因結構建模
項目5 基因組注釋之DNA元件預測
項目6 基因組數據可視化
第二篇 擴展實踐
項目1 高通量測序平臺及模擬工具的對比
項目2 基因組序列組裝軟件的對比
項目3 RNA-Seq數據從頭組裝軟件的對比
項目4 從頭計算預測基因軟件的比較
項目5 基于轉錄組數據的新基因和轉錄變異體的發現
項目6 基因轉錄調控分析
項目7 基因組測序可視化工具的對比
第三篇 綜合實踐
項目1 基因組測序模擬的編程實現
項目2 同源基因搜索指導的基因結構預測
項目3 基于RNA-Seq數據的基因組注釋
項目4 基于多重數據源的基因結構特征訓練和應用
項目5 基因結構特征模型參數的編程實踐
項目6 多重證據聯合的基因結構建模
項目7 轉錄因子調控機制分析
其他綜合實踐設想
第四篇 常用軟件使用手冊
1．ART
2．Augustus
3．BamTools
4．BCFtools
5．bedtools
6．Bowtie2
7．FastQC
8．GFF格式處理工具
9．NCBI BLAST
10．NCBI SRA Toolkit
11．QUAST
12．Samtools
13．SOAPdenovo
14．Trimmomatic
15．Trinity
16．文件格式轉換工具
附錄
附錄1 基因組坐標體系
附錄2 常用數據格式
參考文獻
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