掃一掃
關注中圖網
官方微博
本類五星書更多>
-
>
宇宙、量子和人類心靈
-
>
氣候文明史
-
>
南極100天
-
>
考研數學專題練1200題
-
>
希格斯:“上帝粒子”的發明與發現
-
>
神農架疊層石:10多億年前遠古海洋微生物建造的大堡礁
-
>
聲音簡史
基于高通量測序的基因組分析 版權信息
- ISBN：9787030721488
- 條形碼：9787030721488 ; 978-7-03-072148-8
- 裝幀：一般膠版紙
- 冊數：暫無
- 重量：暫無
- 所屬分類：>
基于高通量測序的基因組分析 本書特色
書中沒有復雜的程序代碼，不需要編程語言基礎，淺顯易懂，具有很強的實踐操作性
基于高通量測序的基因組分析 內容簡介
高通量測序已成為生物學研究的重要手段，在生物多樣性、物種種質資源開發利用和生物醫藥領域都發揮了很好重要的作用，因此，如何處理和分析高通量測序數據成為生物學研究的推薦技能之一。本書以高通量測序數據在基因組分析中的運用為例，采用分步講解的方式，圖文并茂地介紹了高通量測序數據的基本格式，利用高通量測序數據開展分析的流程、相關程序，程序執行過程及其分析注意事項。同時，對于數據分析運算中的一些中間結果，作者提供了自己編寫的程序，以利于獲得*終結果。書中提供了Linux操作系統安裝方法，并基于Linux語言命令介紹了高通量測序數據處理過程，其中沒有復雜的程序代碼，不需要編程語言基礎，淺顯易懂，具有很強的實踐操作性。 本書可供基因組學、生物信息學、遺傳學、生態學及相關領域的高校師生和科研人員閱讀參考。
基于高通量測序的基因組分析 目錄
目錄
**章 Linux系統安裝 1
第二章 Linux基本命令 6
第三章 高通量測序數據的常見格式 12
第四章 基因組組裝 15
**節 基因組大小估測 15
第二節 基于PacBio HiFi模式測序數據的基因組組裝 21
第三節 基于PacBio CLR模式測序數據的基因組組裝 27
第四節 基于Nanopore測序數據的基因組組裝 30
第五節 去除基因組中的冗余序列 37
第六節 Hi-C組裝 47
第五章 重復序列查找 66
第六章 基因預測 72
第七章 基因家族擴張和收縮 82
第八章 物種歷史動態 100
第九章 群體重測序個體的SNP查找 110
第十章 遺傳多樣性參數計算 124
第十一章 受選擇作用的SNP位點 129
**節 PCAdapt分析 129
第二節 BayPass分析 135
第三節 合并PCAdapt和BayPass結果 140
第十二章 遺傳結構分析 144
**節 PCA分析 144
第二節 Admixture分析 146
**章 Linux系統安裝 1
第二章 Linux基本命令 6
第三章 高通量測序數據的常見格式 12
第四章 基因組組裝 15
**節 基因組大小估測 15
第二節 基于PacBio HiFi模式測序數據的基因組組裝 21
第三節 基于PacBio CLR模式測序數據的基因組組裝 27
第四節 基于Nanopore測序數據的基因組組裝 30
第五節 去除基因組中的冗余序列 37
第六節 Hi-C組裝 47
第五章 重復序列查找 66
第六章 基因預測 72
第七章 基因家族擴張和收縮 82
第八章 物種歷史動態 100
第九章 群體重測序個體的SNP查找 110
第十章 遺傳多樣性參數計算 124
第十一章 受選擇作用的SNP位點 129
**節 PCAdapt分析 129
第二節 BayPass分析 135
第三節 合并PCAdapt和BayPass結果 140
第十二章 遺傳結構分析 144
**節 PCA分析 144
第二節 Admixture分析 146
展開全部
基于高通量測序的基因組分析 節選
**章Linux系統安裝 Linux系統很多，我使用的是Ubuntu Linux系統，可以從網站下載。這個Linux系統已經提前安裝了多類編譯程序，省去很多煩瑣的安裝過程。登錄到網站界面后，下載其中的“osgeolive-13.0-amd64.iso”文件（圖1），這是Linux單機版本。如果想安裝虛擬機版本，可下載“osgeolive-13.0-amd64.vmdk.7z”文件。本書介紹的是單機版本的安裝。 圖1“OSGeoLive-13.0”版本Linux系統下載 準備一個容量大于8Gb的空U盤，利用Rufus工具把下載的“osgeolive-13.0-amd64.iso”寫入到U盤中，做成U盤啟動盤（圖2~圖8）。請注意，這些是在Windows操作系統下完成的。 圖2Linux系統安裝 圖3利用Rufus程序把Linux系統寫入U盤—1圖中數字1、2、3代表選擇或執行步驟。如后圖中出現類似數字，意思相同，不再提示 圖4利用Rufus程序把Linux系統寫入U盤—2 圖5利用Rufus程序把Linux系統寫入U盤—3 圖6利用Rufus程序把Linux系統寫入U盤—4 圖7利用Rufus程序把Linux系統寫入U盤—5 圖8利用Rufus程序把Linux系統寫入U盤—6 安裝完成后，重新從U盤啟動計算機。需要注意的是啟動U盤時，不要選擇UEFI模式啟動。如圖9所示，我的U盤名字是“AIMass Storage”（讀者的U盤和我的名字會不同），在選擇U盤啟動時，不要選擇“UEFI：AIMass Storage，Partition1”模式，因為安裝過程可能報錯。成功啟動后，會出現對話框詢問安裝的語言，利用鍵盤的上下左右鍵進行選擇，讀者可按照自己的要求選擇語言；之后出現對話框詢問是否安裝Lubuntu系統，選擇“安裝Lubuntu”；然后出現選擇語言和鍵盤布局的界面；此后出現“更新和其他軟件”對話框，選擇“正常安裝”、“安裝OSGeoLive時下載更新”和“為圖形或無線硬件，以及其他媒體格式安裝第三方軟件”；出現“安裝類型”，選擇“清除整個磁盤并安裝OSGeolive”；*后出現對話框，點擊“選擇磁盤”，移動上下鍵，選擇合適的磁盤進行Linux系統的安裝，注意這一安裝過程會刪除被安裝磁盤內的文件，所以務必選擇正確的磁盤并做好備份。建議買一個容量大一些的硬盤用于系統安裝。之后按照提示繼續下面的安裝操作，包括輸入用戶名和密碼，這里不再一一細述。 圖9安裝Linux系統的U盤啟動 在本書撰寫期間，OSGeoLive版本更新到了14.0，讀者可以下載該版本進行安裝，安裝過程大致和13.0版本相同。步驟如下：首先選擇“中文（簡體）”后回車；出現下一個界面時選擇“StartOSGeoLive”，回車；出現OSGeoLive-14.0的操作界面（類似Windows操作界面），選擇里面標有“InstallOSGeoLive14.0”的圖標；之后出現選擇安裝字體的選項，可選擇中文，然后點擊“下一步”，選擇時區，可選擇“Asia”和“Shanghai”等，點擊“下一步”，選擇鍵盤語言，點擊“下一步”，選擇正確的磁盤，再選擇“抹除磁盤”的選項，之后的安裝按照提示 進行就可以。 第二章Linux基本命令 Linux常用命令包括：cd、ls、cat、paste、cut、grep、sort、uniq、sed、head、tail。現以“OSGeoLive-13.0”版本界面為例（圖10），“OSGeoLive-14.0”版本和“OSGeoLive-13.0”版本界面基本一致（圖11）。 安裝完成后，就可以啟動進入Linux界面（圖10），基本和Windows界面一致。打開文件夾界面后（圖12），如果覺得小圖標界面不合適，對于“OSGeoLive-13.0”版本，可依次點擊文件夾界面中的“視圖”、“文件夾查看方式”和“緊縮視圖”；對于“OSGeoLive-14.0”版本，可依次點擊“查看”、“查看”和“列表視圖”，就可以得到列表視圖。文件夾的*大化、*小化，文件的操作，包括文件復制、粘貼等和Windows一致，不再贅述。 圖10“OSGeoLive-13.0”版本Linux啟動后界面
書友推薦
- >
月亮與六便士
- >
自卑與超越
- >
詩經-先民的歌唱
- >
隨園食單
- >
上帝之肋:男人的真實旅程
- >
伯納黛特,你要去哪(2021新版)
- >
羅曼·羅蘭讀書隨筆-精裝
- >
我與地壇
本類暢銷
